Veille scientifique et médicale

ATTENTION : dernier communiqué du groupe de travail avant la mise en place d’un scoop it dédié aux zoonoses émergentes & ré-émergentes

COVID-19: la course aux vaccins & le double-jeu des anticorps

Le 14 Juin, le ministre de la santé Olivier Verran annonçait avoir passé un accord avec d’autres pays européens pour la fourniture de 400 millions de doses d’un vaccin-candidat élaboré par un institut de l’Université d’Oxford contre la COVID-19. Les chercheurs l’ont formulé à partir d’une version affaiblie d’un autre virus, affectant le chimpanzé. Après des premiers essais effectués sur l’Homme, fin avril, une nouvelle phase commence avec 30 000 patients. Si le projet est validé, les premières livraisons pourraient avoir lieu avant la fin de l’année. En attendant, Luca Varani [directeur du laboratoire de biologie structurale à l’Institut de recherche en biomédecine de Bellinzone (CH) membre du consortium européen ATAC(Antibody Therapy Against Coronavirus)] explique l’intérêt de la sérothérapie (anticorps thérapeutiques) mais aussi ses dangers dans Québec Sciences. Les personnes qui ont eu la COVID-19 et en ont guéri possèdent des anticorps efficaces pour neutraliser le virus, efficaces pour leur propre protection mais aussi pour protéger les autres, au moins à court terme. (voir l’essai Coviplasm).Il existe trois façons de les obtenir :

-La première consiste à prélever le sang de patients guéris du Sars-CoV-2 et à transfuser le plasma tel quel aux malades. C’est une technique réalisable et qui a fait ses preuves mais il faut avoir un donneur pour un patient et la quantité d’anticorps diminue avec le temps. Il faut donc constituer des stocks de sang rapidement.

-La deuxième consiste à exprimer des millions d’anticorps différents dans des levures et à constituer des bibliothèques à partir de populations ayant été exposée ou non au coronavirus. On recherche ensuite, parmi ces anticorps, ceux qui se lient le mieux à la cible virale ; c’est la technique utilisée par l’Université Technique de Braunschweig.

-La troisième consiste à rechercher les meilleurs anticorps dans le plasma des personnes guéries, et uniquement ceux-la, et à les reproduire artificiellement. C’est la technique utilisée par l’équipe de Davide Robbiani à l’Université de Rockefeller.

Luca Varani rappelle qu’il existe des anticorps bispécifiques qui reconnaissent non pas une mais deux cibles différentes sur le pathogène, ces anticorps empêchant le virus de muter en réaction à un traitement. Cette approche bispécifique a été efficace contre le Zika en 2017. L’intérêt de cette approche réside dans le fait que ces anticorps pourraient fonctionner contre le coronavirus s’il venait à muter un jour ou l’autre. Il faut cependant garder à l’esprit que seuls les anticorps neutralisants sont efficaces mais qu’une infection virale provoque aussi la production d’anticorps non neutralisants qui peuvent avoir des effets négatifs en aggravant la maladie : c’est le phénomène d’antibody dependant enhancement (ADE) – ces anticorps facilitant l’infection. Ce phénomène est bien décrit chez les flavivirus (Dengue, Zika ou fièvre jaune) et les coronavirus du SRAS et du MERS, chez les animaux. En effet, les anticorps possèdent une partie qui reconnaît l’antigène et une portion FC. Les cellules immunitaires ont des récepteurs qui reconnaissent cette portion FC et s’y accrochent, « avalant » l’anticorps. Si celui-ci est attaché au virus, il l’entraine avec lui à l’intérieur de la cellule immunitaire et infecte d’autres cellules immunitaires en « shuntant » la porte d’entrée habituelle : le récepteur ACE2. La tempête cytokinique observée dans la COVID-19 et d’autres fièvres hémorragiques pourrait être liée à ces anticorps. C’est pourquoi il faut favoriser des vaccins qui génèrent des anticorps neutralisants en ciblant une région appelée receptor-binding domain(RBD), c’est à dire la région du virus (protéine S)  qui s’attache au récepteur ACE2. Quant aux anticorps thérapeutiques, on pourrait muter leur domaine FC pour qu’il ne puisse pas être reconnu par les cellules immunitaires et ainsi éviter le phénomène ADE. Pour lire l’article.

Cependant deux études récentes montrent que bien que la plupart des personnes infectées produisent des anticorps et que même de petites quantités peuvent encore neutraliser le virus, in vitro, il est peu probable que les personnes infectées et guéries produisent des anticorps pendant une longue durée. En effet, dans la première étude, moins de 10% des patients infectés guéris ou de personnels soignants en contact avec des personnes infectées présentaient des anticorps quelques semaines après. Dans la seconde étude,les auteurs ont comparé les réponses immunitaires de 37 patients asymptomatiques mais positifs à un test RT-PCR à un nombre égal de patients présentant des symptômes sévères. Ils ont constaté que 40% des individus asymptomatiques présentaient une séronégativité dans les deux à trois alors qu’elle n’était que de 13% pour les patients symptomatiques. 

Ces deux études préliminaires montre qu’il est peu probable que des gens produisent des anticorps de longue durée contre le Sars-CoV-2 précise Stephen Chen. Ces études mettent en évidence la nécessité de développer des vaccins puissants, car l'immunité qui se développe naturellement pendant l'infection est sous-optimale et de courte durée chez la plupart des gens", a déclaré Akiko Iwasaki, immunologiste à l'Université de Yale, au New York Times. Lire l’article dans The Scientist.

En France, Simon Fillatreau et son équipe de l’Institut Necker essaient de comprendre la réponse immunitaire mémoire(lymphocytes B et T CD4) après la COVID-19.

A lire aussi dans la rubrique Revue de Presse, « Les 3 points clés du candidat médicament deXenothera ». 

 Zoonoses émergentes & ré-émergentes*

*cette rubrique fera partie d’un scoop it sur cette thématique

-L’émergence des nouvelles épidémies s’accélère : comment y faire face ?

s’interrogent Mathilde Paul (ENVT), Eric Delaporte (IRD), François Roger (CIRAD), Frédéric Simard (IRD) et Jacques Izopet (INSERM) dans The Conversation.

Si des recherches sont encore nécessaires pour retracer précisément l’histoire de l’émergence du nouveau coronavirus Sars-CoV-2, responsable de la pandémie de COVID-19, son origine animale est l’hypothèse privilégiée jusqu’à présent.La crise sanitaire causée par l’épidémie de COVID-19 vient donc nous rappeler avec acuité, une nouvelle fois, les interconnexions entre la santé humaine et la santé animale, entre l’environnement et la mondialisation. Elle fait suite à d’autres crises récentes, telles que la pandémie de VIH, les émergences répétées de la maladie à virus Ebola, ou les épidémies dues à d’autres coronavirus, comme ceux du SARS et du MERS,entre autres.

Comment se produisent ces émergences ?

Les épisodes initiaux de transmission n’évoluent pas toujours en épidémies : il faut pour cela que le pathogène ait acquis la capacité à se transmettre de personne à personne (directement ou via un arthropode vecteur). Une fois cette capacité acquise, l’épidémie commence à se propager. Son devenir à la surface du globe dépend toutefois de nombreux facteurs, tels que le mode de transmission de l’agent pathogène (par voie respiratoire, sanguine, cutanée, par piqûre d’arthropode…), sa durée de vie dans l’environnement, la période pendant laquelle une personne contaminée est contagieuse, le degré de connexion entre les populations et le comportement des individus.

S’accélèrent-elles au même rythme que les échanges mondiaux ?

À l’époque où les populations humaines étaient composées de chasseurs-cueilleurs, les individus pouvaient contracter des maladies à partir des espèces chassées. Mais c’est la domestication d’espèces sauvages qui a créé le premier grand pont épidémiologique entre les populations animales et humaines: la sédentarisation des populations couplée à l’augmentation de leur densité a entraîné un risque accru de transmission de certains pathogènes à l’Homme. Depuis lors, l’expansion et l’évolution des systèmes de production animale n’ont cessé de créer des contextes favorables à l’émergence et à la diffusion d’agents pathogènes entre animaux et hommes.

Ces phénomènes d’émergences épidémiques d’agents infectieux connus ou inconnus se sont accélérés à la fin du XXᵉ siècle. En effet, elles résultent des changements globaux déclenchés et alimentés par les activités humaines partout sur la planète. Parmi les facteurs qui entrent en jeu on peut citer la destruction et la fragmentation des habitats, la dégradation des écosystèmes naturels, la perte de biodiversité, l’intensification des systèmes d’élevage et de cultures, l’urbanisation, les mises en contact inédites entre êtres humains, espèces domestiques et sauvages, le dérèglement climatique (qui perturbe certaines dynamiques écologiques), les transports aériens et maritimes (qui connectent des populations et écosystèmes initialement indépendants), etc. Un exemple marquant de cette accélération est la dispersion et la prolifération du moustique tigre, Aedes albopictus. 

Globalement – même si cela ne s’applique pas, jusqu’à présent, à la pandémie de COVID-19 – les populations les plus pauvres des pays à faibles revenus restent les plus exposées aux maladies infectieuses et parasitaires.

Les systèmes de santé des états à faible revenu n’ont pas nécessairement de réseaux de surveillance épidémiologique suffisamment efficaces pour donner l’alerte rapidement en cas d’émergence. En outre, les habitants ont généralement un accès limité aux infrastructures d’hygiène (eau potable, assainissement), aux dispositifs de prévention et de soins, à l’éducation et à l’information. Enfin, la sous-nutrition et les carences dont souffre une partie de la population affaiblissent le système immunitaire et rendent l’organisme plus sensible aux maladies infectieuses. Les « maladies tropicales négligées » touchent ainsi plus d’un milliard de personnes dans les pays pauvres. L’hépatite E est un bon exemple de cette vulnérabilité accrue des pays à faible revenu où le virus responsable de cette maladie majoritairement asymptomatique se transmet par les eaux contaminées et infecte chaque année 20 millions de personnes, causant 70 000 décès. 

Comment mieux anticiper ces émergences ?

L’émergence puis la propagation rapide du coronavirus Sars-CoV-2 ont mis en exergue la complexité des dynamiques à l’œuvre durant une épidémie. Pour faire face à ce type de situation, des approches intégrées en santé ont émergé au fil des crises sanitaires récentes. Elles consistent à faire travailler ensemble des spécialistes de nombreuses disciplines (biologie, agronomie, écologie, épidémiologie, médecine, sciences sociales…) et secteurs (santé publique, santé vétérinaire, agriculture, gestion de l’environnement…), à mettre en relation de nombreux acteurs (scientifiques, décideurs, gestionnaires, opérationnels) à différentes échelles (régionale, nationale, internationale). Relativement nouvelles, ces approches intégrées ne vont pas de soi. Elles ont été mises en œuvre avec succès par exemple pour l’étude de la maladie à virus Ebola ou de la fièvre de la vallée du Rift, ou encore pour la surveillance de l’antibiorésistance,un phénomène ayant un impact croissant en santé publique. Cependant, des analyses récentes pointent une prise en compte encore insuffisante de l’environnement et des sciences sociales. 

Les enseignements de la pandémie actuelle devront être pleinement tirés, car de nouvelles émergences ne manqueront pas de se produire. Pour les anticiper et en limiter les impacts sanitaire et socio-économique, il faudra impérativement renforcer la coopération interdisciplinaire et intersectorielle indiquent les auteurs, citant le travail de Mélanie Broindans un dossier d’Agropolis International publié en 2019.

-Analyses phylogénétiques du Sars-CoV-2

l’Institut Pasteur fait le point sur les analyses phylogénétiques du Sars-CoV-2 dans le Journal de la Recherche.

-Encéphalite à tiques : premier foyer de contamination d’origine alimentaire en France

Le 28 mai 2020, l’Agence régionale de Santé Auvergne-Rhône-Alpes et la préfecture de l’Ain annoncent un foyer de cas d’encéphalite à tiques (EAT) confirmés chez 10 personnes et probables chez 16 autres à la suite de consommation de fromages au lait cru de chèvre d’une exploitation agricole du bassin d’Oyonnax. Le Professeur Jeanne Brugère-Picoux fait un point précis sur ces EAT dans la lettre de l’AFAS (Association Française pour l’Avancement des Sciences) et met en garde contre la consommation de lait et de produits laitiers non pasteurisés provenant de chèvres, brebis ou vaches dans les zones à risques.

-Un nouvel arbovirus neurotrope

Le virus Umbredu genre orthobunyavirus, est virus neurotrope qui infecte les neurones du cortex cérébral, la moelle épinière et le foie. Décrit dans les années 1970 chez le moustique Culex dans la zone Asie Pacifique il n’avait jamais été isolé chez les mammifères ni détecté en Europe. A lire l’article dans la revue Clinical Infectious Diseases.

-Découverte du mécanisme de déplacement de toxoplasma

Une équipe grenobloise de l’IAB (Institut for Advanced Biosciences– CNRS-UMR5309 – INSERM U1209)(Isabelle Tardieux et al.) a découvert le mécanisme que le parasite a développé pour naviguer dans les matrices tissulaires et coloniser ses cellules-hôtes. A lire dans la revue ACS Nano.

-Le CIRAD alerte contre la tique aux pattes rayées (Hyalomma marginatum)

Potentiellement vecteur de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo, un virus avec un taux de létalité de 10 à 40 %. Cette maladie se manifeste par une sensibilité à la lumière, une nuque raide, des vertiges, des douleurs musculaires et de fortes fièvres. Le virus peut s’avérer mortel pour l’Homme mais n’a pas été détecté en France pour le moment. Il a en revanche déjà provoqué le décès de plusieurs personnes en Turquie (une dizaine par an) et en Espagne (2 en 4 ans).

Cette tique géante « chasseuse » se déplace rapidement au sol. Lorsque cette tique est présente sur une zone elle se fixe en priorité sur les chevaux. C’est l’espèce sentinelle. Puis, quand elle est en grand nombre, elle s’attaque à d’autres bêtes d’élevage ou sauvage et à l’Homme précise Frédéric Stachurski,vétérinaire acarologue au CIRAD, dans le Midi Libre. 

-et aussi… l’ANSES appelle à surveiller les moustiques « tigre »

Après l’hydroxychloroquine, la dexamethasone et les statines - du nouveau avec des médicaments …anciens et bon marché! 

Le Professeur Didier Raoult aurait-il raison lorsqu’il précisait dans plusieurs interviews que de « vieux » médicaments existant avaient fait leurs preuves, qu’ils n’étaient pas chers et qu’ils pouvaient soigner (encore) de nombreuses maladies (sic). 

Hydroxychloroquine, remdesivir, lopinavir, ritonavir, tocilizumab… La liste des molécules testées pour traiter les patients atteints de COVID-19 vient encore de s’allonger. L’essai clinique britannique Recovery a en effet révélé que la dexaméthasone, une hormone de synthèse glucocorticoide, utilisée depuis la fin des années 1950, bien connue des médecins améliore la survie de certains malades atteints de formes sévères de la maladie.

 C’est la première fois qu’un tel bénéfice est observé : jusqu’ici aucune molécule n’avait fait diminuer significativement la mortalité. Ces résultats sont donc encourageants, même s’ils ne concernent pas tous les patients. La dexaméthasone appartient à une classe de médicaments connus sous le nom de corticostéroïdes. Cette hormone glucocorticoïde de synthèse est utilisée pour traiter diverses pathologies liées à l’inflammation : allergies aggravées, certains types de nausées et de vomissements, arthrite, œdème du cerveau et de la moelle épinière, ou encore formes d’asthme grave et difficultés respiratoires chez les nouveau-nés. C’est justement son utilisation pour traiter ces deux dernières affections respiratoires qui a incité les médecins à penser que la déxaméthasone pourrait également aider les patients gravement touchés par le COVID-19. Cependant, comme tous les médicaments, la dexaméthasone a des effets secondaires qui doivent être surveillés. Lire l’article dans The Conversation du 18 juin.

Alors que le Professeur Temitayo Shokundide l’Université d’Ibadan au Nigéria demandait à sa collègue épidémiologiste le Professeur Haleema Shakur-Stillde de la London School od hygiene & tropical Medicinedes informations pour utiliser l’hydroxychloroquine, celle-ci, lui suggéra d’utiliser d’autres médicaments comme l’aspirine, les statines et des anti-hypertenseurs pour lutter contre l’inflammation intense liée à l’orage cytokinique affectant plusieurs organes. Les statines (médicaments hypo-cholesterolémiants) pourraient-elles réduire la gravité de la COVID-19 en réduisant les phénomènes inflammatoires et en réparant les tissus endothliaux ? Il fallait mettre en place de toute urgence un traitment peu coûteux, largement disponible et facile à mettre en place sans surcharger les systèmes de santé des pays pauvres. Un essai clinique a été mis en place au Nigeria et au Pakistan en utilisant ces médicaments. Les premiers résultats ont été publiés parAnton De Siegeleer de l’Université de Gand. D’autres essais sont en cours. A lire la suite dans The Scientist.

Revue de Presse…

-Big data, numérique et réseaux sociaux  

Le 15 Juin, l’Académie des Technologies émet un avis sur la «Crise de la COVID : Les plateformes, un enjeu pour une France plus agile et moins dépendante ».

Le 18 Juin, Création d’unfond européen pour développer la recherche sur le modèle du DARPA (Defense Advanced Research Project Agency).Lire dans Science Europe.

Le 19 Juin : dans The Conversation, à lire le rôle de plus en plus important des influenceurs scientifiques sur les réseaux sociaux par Fatima Dodat et Gautier Davesne. Les auteurs attirent aussi l’attention sur les dérives comme le cherry-picking, qui consiste à extraire un élément spécifique ou partiel d’une étude scientifique – souvent hors de son contexte d’origine – afin de corroborer son propos et la folie des pré-publications scientifiques.

Le 21 Juin, malgré les réticences (voir communiqué n° 8 « données de la santé – l’arbre StopCovid qui cache la forêt Health Data Hub »), le Conseil d’Etat a maintenu, vendredi 19 juin, l’arrêté élargissant en pleine crise sanitaire les prérogatives du Health Data Hub, la plateforme qui doit centraliser des données de santé françaises à des fins de recherche, en particulier grâce à l’intelligence artificielle (IA). Cet arrêté donne le droit au Health Data Hub de stocker de nouvelles catégories de données médicales. Ainsi, un projet de recherche a pu être lancé, par le ministère de la santé, sur les données des passages aux urgences. Douze autres sont aujourd’hui à l’étude. Lire l’article dans le Monde .

-Stratégies thérapeutiques & nouveautés technologiques

Le 15 Juin dans la Lettre de l’INSERM : où en est la recherche vaccinale à l’INSERM.

Le 16 Juin, le CIRAD informe de l’efficacité du lâcher par des drones de moustiques mâles stériles.

Le 16 juin dans la revue La Techniques de l’Ingénieur, des innovations made in France pour produire des matériaux antimicrobiens et antiviraux.

Le 17 Juin, le Journal du CNRS, un article qui fait le point sur les chiens renifleurs de Sars-CoV-2.

Le 17 Juin, dans le Journal du CNRS, mise au point d’un test salivaire ultra-rapide pour le dépistage du Sars-CoV-2.

Le 17 Juin, nouveauté thérapeutique contre la Covid-19 : les 3 points clés du candidat médicament (Xav 19) mis au point par la société nantaise Xénothera et qui repose sur la production innovante d’anticorps polyclonaux. Les anticorps désirés sont produits par des lymphocytes B. Cette production est généralement réalisée in vitro mais Xenothera utilise des animaux donneurs. Il s’agit de porcs génétiquement modifiés par la technique Crispr-Cas9 pour leur faire produire des anticorps qui ne seront pas reconnus comme étrangers par le corps humains

 L’avantage ? La capacité à produire des anticorps dits polyclonaux, c’est-à-dire issus d’une multitude de lignée de lymphocytes B. Par opposition aux anticorps mono-clonaux, qui proviennent quant à eux d’une seule lignée de lymphocytes B, sélectionnée et isolée in vitro pour industrialiser le processus.

ATTENTION : ceci était le dernier communiqué du groupe de travail avant la mise en place d’un scoop it dédié aux zoonoses émergentes & ré-émergentes

Le modèle conventionnel de publication dans des Revues indexées est-il pertinent dans le cas de la pandémie COVID-19 ? Deux exemples montrent qu’il est difficile de concilier rapidité et fiabilité des informations

La pandémie de coronavirus a bousculé la façon de publier et de diffuser les données de la recherche scientifique et médicale : des données fiables doivent être diffusées le plus rapidement possible, pratiquement en temps réel. Le modèle conventionnel de diffusion d’informations fiables ne semblent pas compatible avec la rapidité requise.

Premier exemple : Le 28 Avril paraissait dans la revue PNAS un article de Forster et al.sur l’analyse par réseau phylogénétique de génomes du Sars-CoV-2. Cet article proposait une histoire de la pandémie et l’existence de trois sous-types, affectant différentes populations en utilisant une méthode de réseaux phylogénétiques, méthode très largement répandue en génétique humaine car elle permet d’intérger la recombinaison, mais très rarement usitée en épidémiologie moléculaire. Les virus recombinent mais à l’échelle du Sars-CoV-2, on n’a pas observé de recombinaison chez l’hôte humain. Les arbres phylogénétiques, plutôt que les réseaux phylogénétiques, paraissent être la bonne approche.

Une autre spécificité de la méthode utilisée par Forster et al. est que c’est une méthode exploratoire donnant une représentation visuelle des données, plutôt qu’une méthode inférentielle permettant de tester une hypothèse et de la retenir ou la rejeter avec un certain niveau de confiance statistique. L’interprétation des résultats de la méthode employée est donc avant tout visuelle et on manque d’indicateur pour en vérifier la robustesse. Une autre limite de cette étude était le très petit nombre de génomes utilisés (160), alors que le jour de la parution de l’article il y en avait 6000 disponibles. A tout le moins, il aurait fallu refaire l’analyse avec des échantillons différents et vérifier la stabilité des résultats. Pour autant l’article a été publié, avec des interprétations nombreuses, notamment l’existence de trois sous-types : A « originel, issu de la chauve-souris et du pangolin », B « issu de A, adapté aux populations asiatiques », C « issu de B et affectant l’Europe et l’Amérique ». Et ces interprétations ont été largement reprises dans les jours qui ont suivi par la presse grand public. Dans une période moins troublée, cet article aurait été révisé et ses interprétations revues à la baisse.Cette surinterprétation d’une étude modeste (160 génomes sur des milliers disponibles) a déclenché une réaction de la communauté internationale et un collectif de près de 40 chercheurs internationauxa publié une lettre dans la même revue une dizaine de jours après la publication originale. Ils ont relevé deux faiblesses majeures : 1)la difficulté d’enraciner l’histoire évolutive de cette pandémie en se basant sur les séquences aujourd’hui disponibles. Les séquences humaines ont très peu évolué depuis de mois de décembre 2019 et elles présentent au plus une cinquantaine de mutations de différence (le rythme pour un génome ARN de 30 000 bases est d’environ d’1 à 2 mutations/mois). A l’inverse le génome de virus animal le plus proche, issu de la chauve-souris, a environ 1 200 différences avec le virus humain. En raison de l’aspect aléatoire des mutations, on ne peut donc pas dire que telle ou telle séquence humaine est significativement plus proche de la séquence de chauve-souris, et constitue LA séquence ancestrale… A cette difficulté s’ajoute le fait que la séquence la plus fréquente trouvée en Chine en décembre, a aussi été trouvée parfaitement conservée à Taiwan, au Japon, aux USA, au Royaume Uni, etc., et ce jusque récemment. Il est donc difficile d’enraciner la pandémie et de lui donner une origine géographique. 2) Des biais d’échantillonnage : . Dans l’étude de Forsteret al. il y avait beaucoup de séquences chinoises, mais, par exemple, peu de séquences italiennes. Aujourd’hui près de la moitié des séquences publiques viennent du Royaume-Uni. Dans un cas comme dans l’autre, les représentations sont biaisées, et les méthodes de phylogéographie sont sensibles à ces biais. Elles fonctionnent par reconstruction ancestrale : typiquement la racine d’un sous-arbre dont la grande majorité des feuilles vient d’un pays donné sera attribuée à ce pays. Si aujourd’hui on fait une analyse naïve avec la moitié des séquences venant du Royaume-Uni, on conclura avec « certitude » que la pandémie vient de là. 

Les analyses phylogénétiques apportent de nombreuses informations en matière d’épidémiologie. Pour le Sars-CoV-2, elles ont par exemple permis de trouver les génomes de virus animaux les plus proches, d’écarter l’hypothèse d’une création humaine en laboratoire, et de dessiner à gros traits les flux entre pays et continents à la surface du globe. Mais elles se basent sur des hypothèses (par exemple la prévalence géographique), et des données incomplètes (par exemple la rareté des séquences italiennes) précise Olivier Gascuel dans la Lettre du CNRS du 11 juin.

Deuxième exemple : le feuilleton sur la Chloroquine (CQ) et l’Hydroxychloroquine (HCQ). Le 22 maila revue The Lancet publie une étude rétrospective de 96 000 cas de malades de la Covid-19. Les auteurs concluent à l’absence d’effets, voire des effets indésirables. L’OMS suspend son essai DisCoVeRy. Le 28 mai, 180 chercheurs publient une lettre ouverte dans la même revue indiquant de nombreux biais et un manque de transparence quant à l’origine des données fournies par la société Surgisphere et émettaient des doutes sur la véracité des chiffres, globalement élevés, pour l’Afrique, l’Australie et la Thaïlande. Le 29 mai, Jessica Kleyn, attachée de presse de la revue The Lancet, précise que les auteurs ont corrigé les données australiennes…Insuffisant rétorquent Andrew Gelman(statisticien à l’Université de Columbia) et James Watson(Mahidol Oxford Tropical Medicine Research Unit) : les auteurs ne répondent pas aux autres questions…Une véritable enquête « policière » est diligentée par The Scientist concernant Surgisphere et son directeur, Sapan Desai car cette société a été sollicitée pour effectuer deux études publiées dans des revues prestigieuses comme The Lancet, The New-England Journal of Medicine, toutes les deux retiréeset une troisième décrivant les effets de l’ivermectine (voir communiqué n°2). Le 3 juin l’article est retiré de la revue The Lancet. Et pourtant de sérieux doutes portaient sur cette société de collecte et de traitements de données. A lire l’Enquête sur Surgisphere sur France Info. Le 4 juin, l’OMS annonce la reprise de la CQ et de l’HCQ dans les essais cliniques du programme DisCoVeRy.

C’est grâce au site de discussion post-publication PubPeer (voir communiqué n°6) que tous ces éléments ont pu être discutés. 

Peut-être faut-il privilégier ce genre de démarche plutôt que de se fier à des publications dont il est évident que les équipes éditoriales n’ont pas vérifié la fiabilité des données dans le but de publier des résultats le plus rapidement possible. 

Zoonoses émergentes & risque zoonotique : le marché florissant des animaux sauvages qui deviennent des animaux de Compagnie

La crise sanitaire a remis sous les projecteurs les enjeux liés au commerce des animaux sauvages, une pratique très ancienne dans la plupart des sociétés humaines. Le commerce de l’ivoire a précédé celui de l’or, les pharaons s’affichaient déjà au côté d’espèces exotiques, et le commerce d’animaux pour alimenter les arènes romaines a mené à l’extinction locale de nombreuses espèces.

-un commerce à évolution rapide

Ces échanges représentent une menace majeure pour la biodiversité, posent d’importants problèmes de santé publique et soulèvent des questions éthiques légitimes sur la souffrance animale.

Le commerce international d’animaux sauvages n’est pas interdit et ne se limite pas à quelques espèces emblématiques. Il représente une manne financière très importante avoisinant chaque année les 100 milliards de dollars. Le commerce illégal représente environ un quart de ce montant, soit au moins 7 à 23 milliards de dollars. Il est aussi rentable voire plus que le trafic de drogues ou d’armes.

Chaque année, des millions d’individus appartenant à des milliers d’espèces de mammifères, d’oiseaux, de reptiles, d’amphibiens mais aussi de poissons, de coraux, de coquillages et autres invertébrés sont commercialisés pour répondre à une demande toujours grandissante à l’échelle mondiale.

Les animaux sauvages sont commercialisés pour leurs produits dérivés (fourrure, corne, peau, carapace, etc.) comme nourriture luxueuse, pour leurs propriétés pharmaceutiques supposées ou encore comme animaux de compagnie.

-Les pays occidentaux grands importateurs

Les médias ont largement traité des marchés aux animaux chinois, présentés comme des repoussoirs, oubliant que les pays occidentaux sont aussi de gros consommateurs d’animaux sauvages, destinés notamment au marché d’animaux de compagnie de plus en plus exotiques.

L’Europe importe légalement chaque année pour des dizaines de milliards de dollars d’animaux sauvages et de leurs produits. Avec plus de 1,5 milliard d’animaux importés entre 2000 et 2006, les USA sont les plus gros importateurs d’animaux sauvages vivants dont la grande majorité sont destinés au marché des animaux de compagnie.

Près de 15 millions d’iguanes verts ont été importés aux USA depuis la création de la CITES (convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d’extinction) et au moins 800 000 foyers possèdent un serpent aux USA. Ce sont a minima 40 millions de reptiles (toutes espèces confondues) qui ont été échangés légalement dans le monde ces 15 dernières années, l’espèce la plus exportée légalement d’Afrique étant le python royal (Python regius).

Par ailleurs, le Japon a importé, toujours légalement, plus de 260 000 oiseaux vivants appartenant à 362 espèces entre 2005 et 2015.

-un marché globalisé et des règles hétérogènes

Ce commerce est particulièrement difficile à contrôler. D’abord parce que l’aire de répartition d’une espèce peut chevaucher plusieurs pays qui ne vont pas forcément adopter les mêmes mesures de protection. 

Enfin, une espèce peut être protégée dans son aire de répartition, interdite de commerce international, tout en étant légalement commercialisée dans un pays consommateur. Ainsi, les éléphants sont protégés dans la plupart des pays et le commerce international de leur ivoire est l’objet d’un moratoire depuis 1989. Pourtant, sur le territoire japonais le commerce d’ivoire est légal. De la même manière, jusqu’à très récemment le commerce de pangolins n’était pas interdit en Chine, bien que les 8 espèces de pangolins soient parmi les plus trafiquées au monde depuis des années et interdites de commerce international depuis 2017 (certaines depuis 2000). Le Gabon, pourtant investi dans la protection de son patrimoine naturel, vient à peine d’inscrire (le 31 mars 2020) toutes les espèces de pangolins sur sa liste d’espèces protégées.

-Deux classifications internationales différentes - des contrôles peu efficaces 

La CITES est un cadre légal juridiquement contraignant, entré en vigueur en 1975 qui réglemente le commerce international des espèces sauvages pour éviter leur surexploitation et leur disparition dans le milieu naturel. Elle compte aujourd’hui 183 pays signataires. 

Les espèces inscrites à la CITES sont classées selon le niveau de risque que leur fait encourir le commerce international. En annexe Ifigurent les espèces les plus menacées dont le commerce international est interdit. En annexe IIfigurent les espèces qui ne sont pas encore considérées en danger d’extinction mais qui pourraient le devenir si leur commerce n’était pas contrôlé. Actuellement, la grande majorité des 5 800 espèces animales inscrites à la CITES sont classées en annexe II, et seulement 11 % en annexe I. La liste des espèces inscrites à la CITES est actualisée tous les 2 ou 3 ans seulement.

En parallèle de la CITES, la liste rouge de l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN)est l’inventaire mondial de l’état de conservation global des espèces sauvages et constitue à ce jour l’outil de référence le plus complet pour connaître le niveau des menaces sur les espèces. Cette liste ne confère aucune protection légale et il faut en moyenne dix ans pour qu’une espèce classée menacée d’extinction par l’UICN soit inscrite en annexe de la CITES. 

Les signataires de la CITES doivent notamment mettre en place un organe scientifique chargé d’évaluer le risque que le commerce international fait peser sur les espèces inscrites à la CITES présentes sur leur territoire. Ils assurent également la délivrance des permis et les contrôles. Ce sont des tâches lourdes et complexes à assurer, même pour les pays les plus riches. 

À l’heure actuelle, l’absence de cohérence et de moyens mis en œuvre pour contrôler le commerce des animaux sauvages a des conséquences sanitaires et environnementales majeures. Une prise de conscience de l’ampleur de ce marché (y compris en Europe) est plus que jamais nécessaire. Il est urgent d’améliorer la réglementation et les contrôles à l’échelle nationale et internationale, et de mener des campagnes de sensibilisation auprès d’un large public afin de diminuer drastiquement et durablement la demande en animaux sauvages sous toutes ses formes précise Marie Sigaud dansThe Conversation.

Et aussi…

-risque zoonotique: 

Nouvelle Calédonie : une nouvelle maladie bactérienne transmise par les chauve-souris en Nouvelle Calédonie (fièvre hémolytique due à Mycoplasma haemohominis).

USA : un premier chien (berger allemand) infecté par le Sars-CoV-2 à New York. Le chien, dont l’un des propriétaires avait été positif au COVID-19, présentait des symptômes respiratoires mais sa guérison complète est attendue. Le 2nd chien du foyer ne présente pas de symptômes mais un examen sérologique a révélé la présence d’anticorps.La presse américaine s’était fait écho il y a un mois du cas d’un carlin testé positif en Caroline-du-Nord, mais il n’y a pas eu de confirmation officielle à ce stade.

Un premier chat infecté par le Sars-CoV-2 ans aux Etats-Unis (Minnesota). Ce chat a été infecté par son propriétaire Covid-19 positif et présentait des troubles respiratoires.

Pays-Bas: 4 nouvelles fermes d’élevage de visons contaminées par le Sars-CoV-2. A la suite du dépistage obligatoire décidé aux Pays-Bas après les premiers cas déclarés dans des fermes de visons en avril dernier, 50 fermes ont voulu vérifier la cause d’une mortalité inhabituelle dans leur élevage. C’est ainsi que trois nouvelles fermes se sont révélées infectées le 2 juin dans le Brabant selon la Ministre de l’Agriculture Carola Schouten, une quatrième ferme étant vraisemblablement touchée, portant ainsi à huit le nombre de fermes atteintes. Une enquête est actuellement en cours pour rechercher l’origine de la propagation du Sars-CoV-2. Actuellement trois fermiers ont été atteints par la Covid-19. Il est fort probable que l’un d’entre-eux a été contaminé dans son élevage de visons alors que les deux autres personnes ont été infectées soit par le premier fermier malade soit par un vison.En raison de la persistance de la circulation du virus dans les élevages de visons et du risque de zoonose, l’abattage des visons a commencé dans les fermes infectées. En outre le ministère examine si, dans le contexte où  les élevages de visons souvent cesser en 2024, si ce commerce pourrait s’arrêter volontairement plus tôt. Par ailleurs les autres élevages de visons sont interdits au public de même que le transport de ces animaux. Les mesures de biosécurité sont renforcées dans les élevages, en particulier le contrôle du personnel. Au 8 juin dix fermes ont été dépeuplées. Les peaux ont été détruites (il y a 140 fermes aux Pays-Bas).

Les insectes pourraient ils transmettre le Sars-CoV-2 ?
Les auteurs estiment que le risque est très faible.

-Tests 

France : 

un test rapide de caractérisation de la réponse immune mis au point par l’équipe de Christophe Hourioux (INSERM-Tours) qui développe un test sérologique fondé sur la reconnaissance de petits fragments de protéines virales. Au-delà de la détection des anti-corps anti-SARS-CoV-2, il permettra de cartographier très finement la réponses immune des personnes infectées par le nouveau coronavirus. L’objectif est de permettre d’éventuelles corrélations entre les caractéristiques des la réponse immune des patients et les formes plus ou moins sévères de la maladie. Ce test pourrait également identifier les régions les plus immunogènes du virus dans la perspective de la mise au point de candidats vaccins.

La Croix du 11 Juin indique qu’un test salivaire de dépistage du Sars-CoV-2, appelé EasyCov, sera disponible à partir du 19 juin à l’échelle internationale. Il a été développé par les scientifiques du laboratoire Sys2Diag (CNRS/Alcen) et les médecins du CHU de Montpellier. La méthode EasyCov promet d’être plus simple et plus rapide que la méthode RT-PCR (qui consiste à prélever des cellules nasales à l’aide d’un écouvillon inséré profondément dans les narines). « Le prélèvement de salive n’est pas désagréable, souligne le Professeur Jacques Reynes, chef du service des maladies infectieuses au CHU de Montpellier. Il nécessite très peu de matériel, ce qui le rend facilement transportable et permet d’obtenir un résultat en une heure », contre 24h maximum pour le test PCR. « Les performances sont très similaires. L’efficacité du PCR est un peu dégradée par un prélèvement difficile à faire, vante Franck Molina, chercheur au CNRS. Parfois les tests salivaires sont plus efficaces que les tests nasopharyngés et inversement. Aucune de ces techniques ne pourra détecter 100 % des patients infectés.

Royaume-Uni : Les Britanniques recommandent de faire tester les animaux de compagnie pour le Sars-CoV-2.

-Stratégies thérapeutiques

Une revue fait le point sur l’antiviral Remdesivir.

Le Sars-CoV-2 s’attaque au péricytes. « On démontre qu’avant même les atteintes des vaisseaux, les premières cellules touchées sont les péricytes, cela confirme bien l’atteinte vasculaire et ça nous donne une piste pour expliquer pourquoi le virus atteint les micro-vaisseaux », explique le Pr Thierry Passeron,professeur de dermatologie au CHU de Nice et chef d’une équipe de l’Inserm au Centre méditerranéen de médecine moléculaire. Les conclusions de cette étude sont publiées dans la revue Intensive Care Medecine.

Prédisposition de certains groupes sanguins à développer des insuffisances respitatoires. On ne sait pas encore pourquoi certaines personnes infectées par le Sars-CoV-2 tombent malades, tandis que d'autres ne présentent que des symptômes bénins.Une étude d'association à l'échelle du génome portant sur 1610 patients atteints de COVID-19 a montré que les variantes du locus du groupe sanguin ABO et d'un groupe de gènes sur le chromosome 3 sont plus fréquentes chez les patients COVID-19 souffrant d'insuffisance respiratoire que dans la population générale.

-Conséquences de l’achat des revues EDP Sciences par les chinois (LaList): tous les auteurs affiliés aux différents instituts académiques éligibles de l’Académie Chinoise des Sciences pourront publier dans les revues EDP Sciences en libre accès, à tarif réduit. 

-Séquençage du génome d’un chat infecté en France : L’étude phylogénétique le virus s’avère de clade A2a comme la plupart des Sars-CoV-2 isolés en France chez l’Homme précise Stephan Zientara.

-Coronavirus et primates: les primates sont sensibles au Sars-CoV-2

-Pour quoi il faut lire Camus pour penser l’après…

Données de santé : l’arbre StopCovid qui cache la forêt Health Data Hub

Si le projet de traçage StopCovid dont le lancement était prévu le 2 juin sera probablement abandonné, ce n’est pas le cas du projet bien plus large : Health Data Hub (HDHub). Ce projet a vu le jour au lendemain de la remise du rapport Villani en mars 2018 sur l’intelligence artificielle. C’est Stéphanie Combes qui est nommée cheffe de projet et microsoft est acté en dispense de marche public car dit elle: Microsoft était le seul capable de répondre à nos demandes. On a préféré aller vite, pour ne pas prendre de retard et pénaliser la France..Il s’agit de faire gérer un bien public par un acteur privé sans espoir de réversibilité. Pour en savoir plus 

L’Ordre national des médecins et le Conseil national des bareaux en sont inquiêts. 

Pour en savoir plus lire l’article de Bernard Fallery dans The Conversation du 26 Mai.

Le point sur les essais cliniques en cours et les cibles thérapeutiques

Il n’existe aujourd’hui aucun traitement pour traiter spécifiquement la COVID-19 au cours de son évolution, depuis sa prévention jusqu’à ses complications les plus sévères rappelle un communiqué commun des Académie Nationale de Médecine, Académie Nationale de Pharmacie et Académie des Sciences du 29 Mai.

Les médicaments étudiés actuellement ont été conçus pour d’autres maladies ; ce sont des médicaments « repositionnés » qui peuvent avoir des effets in vitro sur la réplication du virus, son entrée ou sa sortie de la cellule, ou sur l’activation du système immunitaire. Les cibles thérapeutiques visent 1) le virus Sars-CoV-2 lui-même et, 2) la dérégulation des mécanismes immuno-inflammatoires induits par l’infection chez certaines personnes (« orage cytokinique »). 

Les anticorps bloquant des patients convalescents et les inhibiteurs de protéases à sérine/mésylate bloquent l’entrée du virus dans la cellule. L’hydroxychloroquine inhibe le traffic intracellulaire du virus. Des antiviraux seuls ou en association, avec ou sans interféron, interviennent à différentes étapes du cycle viral pour inhiber la réplication de son génome. Le remdésivir inhibe l’ARN polymérase dépendante de l’ARN et le lopinavir et le ritonavir sont des inhibiteurs de protéases.

Les anticorps monoclonaux anti-récepteurs de l’IL6 sont des anticytokines.

Cependant tous ces médicaments ont des effets indésirables et l’estimation du rapport bénéfice/risque doit être effectué avant de mettre en œuvre un protocole thérapeutique.

Quatre grands essais multicentriques sont en cours. L’ACTT(Adaptive Covid-19 Treatment Trial) avec le remdesivir, aux USA. Recovery au Royaume Uni avec le lopinavir, le ritob-navir, la dexamethasone, l’azithromycine et l’hydroxychloroquine, et le tocilizumab. DisCoVeRyen France avec le lopinavir-ritonavir, le remdesivir, l’hydroxychloroquine et l’interféron bêta-1a. Enfin, Solidarity, piloté par l’OMS, avec le lopinavir-ritonavir, le remdesivir et la chloroquine.

Mises en place en urgence, ces études multicentriques présentent de nombreux défauts méthodologiques comme l’absence fréquente de groupe témoin adapté au médicament supposé actif, l’hétérogénéité des patients et le critère principal de jugement qui différe d’une étude à l’autre. L’hétérogénéité de ces critères rendra les méta-analyses ultérieures difficile à interpréter. 

D’autres essais cliniques à petits effectifs sont en cours : on peut les observer en allant sur la plateforme EudraCT pour l’Union européenne. On citera le travail de Jean-Luc Perfettini, à Villejuif, sur une nouvelle stratégie thérapeutique consistant à effectuer la reprogrammation des macrophages, cellules du système immunitaire ayant « la capacité de passer d’un état anti-inflammatoire à un état pro-inflammatoire selon les situations et les maladies » précise Jean-Luc Perfettini. Les chercheurs ont notamment identifié une protéine impliquée dans ces changements d’état : NLRP3. Celle-ci conduit habituellement à la production de cytokines pro-inflammatoires en réponse à des signaux alertant l’organisme de la présence d’intrus tels que des microbes ou des cellules cancéreuses, mais elle peut aussi être directement contrôlée par des protéines microbiennes et favoriser l’infection. Dans le cas de la COVID-19, l’objectif est de reprogrammer les macrophages en prenant comme cible NLRP3 afin de les rendre moins pro-inflammatoires. L’équipe recherche actuellement les doses et les séquences d’utilisation qui pourraient présenter un intérêt thérapeutique. Certaines molécules déjà sur le marché ciblent directement ou indirectement la protéine NLRP3. D’autres présentent une structure susceptible d’avoir une affinité pour cette dernière. Les chercheurs ont ainsi identifié douze candidats et sont en train de les tester in vitro sur des macrophages. Deux des molécules sont d’ores et déjà extrêmement prometteuses.Elle travaille également sur leur formulation, pour permettre une administration par nébulisation. Les chercheurs espèrent par ailleurs que ces molécules auront un effet sur la réplication du virus comme c’est le cas pour le VIH-1.

Si l’on peut comprendre que l’urgence de la situation a pu motiver une certaine tolérance vis-à-vis d’essais sans expertise méthodologique suffisante et disperser les efforts de recherche clinique, il faut aussi noter l’absence d’autorité de l’OMS et le manque de concertation entre les agences nationales du médicament au sein même de l’Union Européenne ; par exemple pour l’essai DisCoVeRy,l’effectif inclus dans certains pays participants ne permet pas d’obtenir des résultats exploitables 

L’espoir d’une immunité croisée….

 Une étude de biologie moléculaire, publiée dans la revue Cell a permis d’observer la réaction, face à certaines protéines virales, de cellules d’individus infectés par le Sars-CoV-2. LA surprise est venue du groupe contrôle : les cellules de certaines personnes non infectées par le Sars-CoV-2 réagissaient quand même. Elles avaient reconnu le nouveau coronavirus sans l’avoir jamais rencontré. Or ces personnes affichaient des anticorps contre d’autres coronavirus bénins, laissant penser que ces infections pouvaient induire une réponse immunitaire contre le Sars-CoV-2. Autrement dit, le fait d'avoir été infecté par d'autres virus (deux betacoronavirus responsables de rhumes banaux) confèrerait incidemment une protection contre celui de la Covid-19. En effet, lorsqu'on guérit d'une infection, le système immunitaire a dans la plupart des cas développé des anticorps permettant de combattre efficacement l'agent pathogène responsable de cette infection. L'immunité croisée désigne le fait que ces anticorps s'avèrent aussi efficaces contre d'autres virus.

Dans la revue Nature l'équipe dirigée par Davide Corti identifie ainsi un anticorps spécifique, S309, neutralisant à la fois le Sars-CoV-1 et le Sars-CoV-2. Cet anti-corps spécifique a été obtenu à partir des lymphocytes B d’un patient affecté en 2003…Une autre étude allemande confirme l’hypothèse d’une immunité croisée.

Et d’une mémoire immunitaire

Les cellules souches sanguines ont une mémoire immunitaire et ouvrent des pistes dans la recherche sur la Covid-19. Les cellules souches du sang auraient une propriété surprenante. En plus d’assurer le renouvellement continu des cellules sanguines, ces cellules gardent une trace des infections passées pour déclencher une réponse immunitaire plus rapide et plus efficace par la suite, d’après une nouvelle étude co-dirigée par la chercheuse Inserm Sandrine Sarrazin et par le chercheur CNRS Michael Sieweke du Centre d'immunologie de Marseille-Luminy (CNRS/Inserm/Aix-Marseille Université) et du Centre des thérapies régénératives de l’Université technique de Dresde (Allemagne). Cette découverte pourrait avoir un impact significatif sur les futures stratégies de vaccination, notamment celles explorées dans le cadre de la pandémie de Covid-19. Elle permettrait aussi de faire progresser la recherche sur de nouveaux traitements visant à moduler le système immunitaire. Ces résultats ont été publiés dans la revue Cell Stem Cell.

Le feuilleton de l’hydroxychloroquine

met en évidence des dysfonctionnements du modèle de la diffusion de l’information scientifique et technique par des Grandes Revues, en période d’urgence sanitaire

Le 22 mai The Lancet publie une étude rétrospective de 96 000 cas de malades de la Covid19 qui aboutissait à la conclusion que loin d’apporter un bénéfice aux patients hospitalisés, la chloroquine ou l’hydroxychloroquine associée ou non à des antibiotiques, entrainait un risque accru d’arythmies cardiaques et de décès. Conséquence immédiates : l’OMS suspend l’inclusion de patients dans l’essai Solidarity et, en France, les essais cliniques incluant la chloroquine et l’hydroxychloroquine sont suspendus. L’étude publiée est analysée à la loupe.

Le lendemain, The Guardian dans sa rubrique Science annonce

Le 28 une lettre ouverte est adressée par 120 médecins, chercheurs, à Richard Horton, le rédacteur en chef de The Lancet indiquant de nombreux biais, de fausses données, un manque de transparence de l’origine de celles-ci. Malgré un court erratum publié par The Lancet confirmant les résultats, la polémique continue….Largement entretenue par les journalistes dont la plupart de lisent pas les articles : constatation déjà faite par le philosophe Georges Steiner dans Passions Impuniesqui écrivait : « Mais où allons-nous trouver de vrais lecteurs, des lecteurs qui sachent lire ? Il nous faudra, je crois, les former »……

Ce feuilleton met en évidence les dysfonctionnements du modèle de la diffusion de l’information scientifique et technique par des Grandes Revues scientifiques en période d’urgence sanitaire : comment vérifier et évaluer des informations scientifiques en temps réel ? Trois nouveaux outils publiés dans Natureindex pour améliorer les publications en préprint sont analysés dans LaList du 26 mai.

Et aussi…

-risque zoonotique : de nouveaux coronavirus détectés chez les chauves-souris

-Impact de la crise Covid-19 sur les animaux d’élevage en Tunisieà lire dans Leaders sous la plume du Professeur Ouajdi Souilem qui le point sur le bien-être animal des animaux d’élevage en Tunisie pendant la crise sanitaire.

-vaccins : mise au point de vaccins chez les animaux 

Parmi les 140 laboratoires travaillant sur la mise au point de vaccins, un vaccin thaillandais devrait être être disponible en 2021 : les essais semblent concluants chez les primates non humains, idem pour un vaccin canadien. A lire dans Speaking of Research : un petit nombre de singes pourrait sauver plusieurs millions d’êtres humains.

-L’actualité sur la recherche animaledans The Foundation for Biomedical research(FBR)

Les chauves-souris : un animal maudit d’une importance vitale

Elles n’avaient pas besoin de cela ! Un cas de rage chez un chat en Côte-d’Or, contaminé par une chauve-souris et l’opprobre rejaillit sur cet ordre des chiroptères qui compte plus de 1200 espèces soit environ 20% des 6500 espèces de mammifères connusen deuxième position après les rongeurs. Les chauves-souris font partie des mammifères les plus anciens (la majorité des espèces se seraient formées il y a plus de 100 millions d’années). La profusion d’espèces ainsi que leur ancienneté ont abouti à une grande diversité génétique entre elles expliquant l’extraordinaire diversité virale observée chez ces animaux. Les chauves-souris sont caractérisées par une grande diversité de taille (de quelques grammes à 2 m d’envergure), de régime alimentaire (insectivore, frugivore et même hématophage) et de mode de vie (certaines sont sédentaires et d’autres sont migratrices). Cette diversité biologique leur a permis de coloniser des zones géographiques et des écosystèmes très variés. Elles présentent des caractéristiques physiologiques propices à la persistance des virus à long terme: certaines vivent jusqu’à 40 ans et les espèces des régions tempérées entrent en hibernation pendant plusieurs mois aux saisons froides. De plus, leurs défenses immunitaires sont essentiellement supportées par une immunité innée très efficace. Elles vivent de façon grégaire et il est fréquent de trouver plus espèces différentes ensemble, ce qui accroît la diversité virale. Séjournant dans des lieux naturels (grottes, frondaisons des arbres…) ou bâtis par l’homme (toits des maisons, mines désaffectées…) elles vivent à son contact et parfois lui servent même de nourriture, notamment en Afrique et en Asie. Il n’est donc pas étonnant qu’elles soient de véritables réservoirs de nouveaux virus particulièrement pathogènes pour l’homme qu’elles peuvent infecter soit directement comme Ebola ou Marburg soit indirectement, en contaminant d’autres espèces animales qui deviendront à leur tour des réservoirs. Plusieurs coronavirus ont ainsi été détectés chez les chauves-souris insectivores du genre Rhinolophus, principalement en Asie parmi eux, le Sars-CoV, le Mers-CoV et désormais le Sars-CoV-2.Il faut noter que les coronaviroses sont bien connues des vétérinaires depuis longtemps tant pour les espèces domestiques que pour les espèces de compagnie. 

Ainsi, dans les sociétés occidentales, l’image des chauves-souris, animaux nocturnes, est-elle connotée dans la litterature et dans l’art avec l’image du diable…http://revel.unice.fr/loxias/index.html?id=1538. Cependant, elles jouent un rôle primordial voire vital en agriculture et dans le fonctionnement de la biosphère. Il est donc urgent et impératif de multiplier les recherches visant à identifier et caractériser régulièrement les virus hébergés par ces mammifères volants, et élucider les modalités et les mécanismes génétiques, environnementaux et anthropologiques de leurs transmissions aux êtres humains, seuls moyens pour proposer et mettre en œuvre des stratégies de prédiction et de prévention des épidémies.

Pour en savoir plus, lire dans The Conversation l’article d’Eric Leroy.

COVID-19 : la première pandémie dans un monde numérique – l’apport et l’intérêt des outils numériques

Si l’on compare avec le SRAS : le dernier coronavirus qui avait suscité une inquiétude mondiale pour l’homme en 2002 et 2003, les techniques d’analyse génétique ont drastiquement évolué vers plus de précision et de réduction des temps d’analyse. Ces techniques, moins coûteuses, ont permis à de nombreux pays d’analyser très vite un nouveau virus quel que soit son lieu d’apparition. Dans le cas du nouveau coronavirus Sars-CoV-2, ce sont donc des équipes chinoises qui l’ont fait et ont implémenté la base de données internationale GISAID. Outre le partage des données,des nouveaux outils informatiques permettent de cribler des molécules existantes afin de mettre en place très rapidement des stratégies thérapeutiques efficaces. Ces outils permettent également de faire de la prévention épidémiologique. 

-Séquencer rapidement le génome viral 

Le séquençage (séquence génétique du virus) permet de comparer les nouveaux virus avec ceux répertoriés dans la base de données. Dans le cas du Sras-CoV-2, 95% de son génome est similaire au génome d’un autre virus retrouvé chez une chauve-souris en 2013. L’origine animale du nouveau virus est donc très probable. L’autre intérêt d’étudier la séquence génétique est de prévoir la structure des protéines du virus dont elle découle. Une des protéines d’intérêt est la protéine S (pour spicule) présente à la surface du virus et qui va s’attacher aux cellules humaines pour les reconnaître et les infecter.Ces protéines de surface peuvent aussi être une cible thérapeutique car si on les bloque alors elles ne peuvent plus infecter des cellules. Le sequençage permet également de mettre au point des tests de diagnostic spécifiques.

Il est possible d’établir l’arbre généalogique du virus pour comprendre d’où vient chaque source virale et ainsi de suivre ses taux de mutation, la diversité de ses populations à l’intérieur de l’organisme et les chaînes épidémiques. Bref, le séquençage permet de reconstituter, en partie, l’histoire de l’épidémie. Ainsi le virus Sars-CoV-2 appartient au groupe des Sarbecovirus. La lignée du Sars-CoV-2 compte actuellement 3 génomes de virus de chauves-souris, tous isolés à partir de rhinolophes collectés en Chine. Deux génomes identiques ont été collectés en 2015 et 2017 dans une grotte de la ville de Zhoustan (Zhejiang). Ils présentent 89% de similarité avec le Sars-CoV-2. Le troisième, a été découvert en 2013 dans la mine abandonnée de Mojinag (Yunnan) présente 96% de similarité avec le Sars-CoV-2. Ces données indiquent que de nombreux Sarcovirus circulent et évoluent depuis des décennies dans les colonies de rhinolophes cavernicoles de Chine et probablement aussi dans certains pays alentours, plus au sud.L’hypothèse d’une contamination par un hôte intermédiaire, rencontré sur les marchés (pangolin, par exemple) mais aussi en milieu naturel est la plus probable. En effet, des chauves-souris blessées ou mourantes qui tombent sur le sol sont susceptibles d’être consommées par des charognards (civettes, chien viverrin, blaireaux, furets). Dans le cas du Sars-CoV de 2002-2003, l’enquête avait permis d’identifier un virus identique à 99,8% au Sars-Cov chez des civettes, consommées dans un restaurant de Shenzhen probablement contaminées lors de leur détention en cage à proximité d’autres animaux sauvages. Chez le pangolin, il existe des souches virales de la lignée Sars-CoV-2 qui présentent 86% et 92% de similarités, de telles divergences suggèrent qu’ils se sont séparés du Sars-CoV-2 il y a plusieurs décennies. Deux souches virales de la lignée Sars-CoV-2 ont récemment été retrouvées chez des pangolins malais(Manis javanica) saisis par les douanes, l’une des souches présente 97,4 % de similarité au niveau des séquences en acides aminés dans une région particulière de la protéine S, le domaine de liaison au récepteur ACE2 (Angiotensin Converting Enzyme 2) qui permet au virus d’entrer dans les cellules humaines pour les infecter. Cela suggère que les pangolins sont très sensibles au virus de la lignée Sars-CoV-2 et qu’ils auraient pu contaminer un être humain. D’autres cas de pangolins confisqués par les douanes (origine inconnue) sont morts après avoir présentés des symptômes pulmonaires. L’hypothèse la plus vraissemblable est que la contamination est d’origine anthropique en lien avec leur captivité. Une telle contamination est très probable en raison des conditions de captivité déplorables. Les cages sont souvent posées les unes contre ou sur les autres, ce qui permet une diffusion rapide du virus à l’ensemble des animaux enfermés et cette diffusion peut être accélérée si les espèces contaminées acceptent et amplifient le virus. De ce point de vue, il est important de préciser que plusieurs espèces de carnivores sont sensibles au Sars-CoV-2 (chats, chiens et furets domestiques, tigres et lions du Zoo de New York), comme l’était la civette avec le Sars-CoV. Les carnivores sauvages vendus sur les marchés chinois sont donc des espèces à privilégier pour les futures recherches virologiques. Ainsi le séquençage permet de réaliser une véritable enquête policière à la fois pour trouver « les coupables potentiels » et reconstituer le décours temporel de la maladie.

-L’intelligence artificielle permet de cribler des milliards de molécules selon Abby Olena dans The Scientist.

Alors que les cas de COVID-19 continuent d'augmenter, les médecins du nord de l’Italie (Alessandria) ont commencé à ré-utiliser les médicaments existants dans le but de trouver quelque chose qui aidera les patients à aller mieux. Ainsi ont été utilisés, Baricitinib, Bopinavir et Ritonavir. Des protocoles ont été mis en place grâce à BenevolentAI, une société spécialisée dans l’Intelligence Artificielle (IA). Les résultats de l’étude montrant l’intérêt d’associer le Baricitinib aux antiviraux ont été publiés le 4 février, dans The Lancet.

L’IA permet d’établir des corrélations en reliant des données qu’un humain ne serait pas capable de faire et dans un laps de temps aussi court. Évaluer 1 milliard de petites molécules pour leur capacité à se lier aux protéines SARS-CoV-2 prendrait une décennie, même sur le plus grand des super-ordinateurs, alors qu’il n’a fallu qu’un après-midi de travail pour identifier deux protéines cibles - la protéine kinase 1 associée à AP2 (AAK1) et la kinase associée à la cycline g (GAK) – qui contrôlent les mécanismes d’endocytose, empêchant notamment les virus d’entrer dans les cellules. Une fois ces cibles identifiées, il n’a fallu que quelques jours, en utilisant un autre algorithme, pour trouver des médicaments existants actifs sur ces cibles protéiques. Parmi les médicaments possibles, le Baricitinib était le plus efficace et présentait très peu d’effets secondaires et la plupart étaient bénins.  Métabolisé par le rein, il pouvait être associé à des antiviraux, métabolisés par le foie. Inhibiteur connu de la Janus kinase (JAK) qui intervient dans la signalisation des cytokines, c’est aussi un inhibiteur de l’inflammation. Cette empêche le virus de pénétrer la cellule et réduit l’orage cytokinique. L’IA pourrait également permettre le développement de la médecine individualisée précise Justin Stebbing, oncologue à l’Imperial College de Londres.

Un autre groupe, dirigé parAlbert-László Barabási à la Northeastern University, combine l'IA avec une autre stratégie, la médecine en réseau :  l’idée est d’intégrer les interactions génétiques et protéiques dans le corps, afin d’évaluer prédictivement l’aggravation de la maladie ; les chercheurs peuvent mieux comprendre comment les choses pourraient empirer pendant l’évolution de la maladie. L’équipe disposed’outils informatiques reliant ces données aux médicaments existants. Une publication dans la revue Nature montre les résultats de cette approche dans le cas de la COVID-19.

-détecter les « malades » grâce aux smartphones

Les données d'une application smartphone de « crowd-sourcing » ont aidé à suivre la propagation de la maladie en temps réel en identifiant un symptôme pertinent. Ils ont trouvé qu’une perte d’odorat ou de goût étaient des indicateurs pertinents de l'infection selon Cristina Menni. Sur plus de 2,5 millions de personnes « connectées » ayant participé à l’étude Covid Symptom Study entre le 24 mars et le 21 avril 2020, 18 000 étaient atteintes de COVID-19, et parmi celles-ci, 65% avaient perdu l’odorat et/ou le goût. D’autres questions étaient posées à la cohorte afin de constituer une base de données et de développer une formule prédictive pour savoir si les utilisateurs avait le COVID-19. Celle-ci a été appliquée à 800 000 utilisateurs de l’application ayant signalés des symptômes. Les résultats prévisionnels ont indiqué qu’environ 140 000 étaient atteints de COVID-19, ce qui était vrai pour 80% d’entre eux. Cette application pourrait donc permettre à ses utilisateurs de se mettre en auto-quarantaine. Pour en savoir plus, lire l’article d’Ashley Yeager dans The Scientist du 11 mai 2020.

-mais malgré tout, il faut se laver les mains et mettre un masque

comme l’indiquent Nejma Omari & Antoine Doucet dans The Conversation, rien vraiment de nouveaux depuis des centaines d’années, lavage des mains et masques (quand il y en a) sont toujours d’actualité sans oublier la quinine et les fake news (lire l’Echo d’Alger d’octobre 1918). Le projet NewEye a pour objectif de rendre exploitables et analysables à grande échelle les collections de presse anciennes numérisées de plusieurs bibliothèques nationales européennes dont la Bibliothèque Nationale de France.

Vers une sinisation des organisations internationales et des éditeurs : prudence mais attention à la sinophobie….

Le spectre d’une hégémonie chinoise dans les organisations internationales se concrétise François Godement (Institut Montaigne)

évoque l’Organisation Mondiale de la Propriété Industrielle (OPMI) dont Wang Binying est candidate à la présidence de l’OPMI (WIPO). 

Emannuel Véron dans The Conversation décrit l’évolution vers une sinisation des normes internationales notamment dans le projet de « la route de la soie » Belt & Road (BRI) mais ce n’est pas le seul cas : Qu Dongyu (ancien vice-ministre de l’agriculture) dirige la FAO (la Chine est le premier pécheur, premier éleveur et premier aquaculteur mondiaux). Fang Liudirige l’OACI (standardisation du transport aéronautique), Li Yong dirige l’ONUDI (promotion du développement industriel dans les pays en voie de développement), Zhao Houlin (chef du bureau de normalisation des télécom chinois) a intégré l’IUT en 2015. 

L’édition n’est pas en reste s’inquiète Roger Schonfeld avec le rachat des éditeurs européens par des éditeurs chinois.

Attention cependant à ne pas stigmatiser les chinois,les anthropologues ont examiné en détail la façon dont le modèle de développement chinois (autrement dit, l’émergence économique de la Chine au XXIe siècle) a été perçu comme une menace en Occident et selon Frédéric Keck, « ce n’est pas tant la Chine qui s’adapte au capitalisme que le capitalisme qui s’adapte à la Chine ». Lire dans The Conversation.

Les vétérinaires : une profession au cœur de la santé globale en première ligne pour la prochaine menace zoonotique

Depuis la fin de l'année 2019, l'épidémie de Covid-19 menace la santé des populations et fragilise – autant qu'elle interroge – les modèles socio-économiques mondiaux. Ce n'est malheureusement pas la première fois que l'humanité doit faire face à l'émergence d'un pathogène à potentiel pandémique. Mais les épisodes très médiatisés d'épidémies liées à des virus tels que les coronavirus responsables du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) ont mis un coup de projecteur particulier sur leur réservoir sauvage, les chauves-souris.Néanmoins, il ne faudrait pas que l'émotion causée par la pandémie actuelle l'emporte et mène à négliger d'autres sources potentielles de dangers zoonotiques, telles que les rongeurs ou les petits carnivores chez lesquels le récepteur ACE2 permettant l’entrée du Sars-CoV-2 existe. Cependant, même si elle reste à démontrer rigoureusement, l'hypothèse de chaînes courtes de transmission animal-humain (par exemple dans un marché de viande de brousse aux conditions sanitaires très dégradées) qui favorise des opportunités répétées de mise en contact puis d'adaptation du Sars-CoV-2 à l'humain semble plausible. Ce genre de contacts entre un ou plusieurs réservoirs animaux et les humains constituerait un des moteurs essentiels de l'émergence des zoonoses. D’autant qu’il est difficile de fermer les marchés aux animaux dans certains pays comme la Chine indiquent Christos Lynteris, Frédéric Kecket Lyle Fearnley dans The Conversationmais c’est une mauvaise nouvelle, puisque nombre de nos pratiques, telles que la chasse, le commerce et la consommation de gibier, le tourisme ou la déforestation exacerbent nos interactions avec la faune sauvage et nous amènent à multiplier ce genre de contacts. Sans oublier notre proximité avec les animaux d'élevage ou de compagnie, toujours plus nombreux et concentrés, qui sont eux aussi susceptibles de nous transmettre un nombre important de zoonoses et si les chauves-souris retiennent l’attention, il ne faudrait pas oublier que les rongeurs représentent d’autres réservoirs de pathogènes bien plus importants, notamment pour les coronaviroses et hantaviroses mais aussi pour des maladies bactériennes comme la leptospirose affectant plus d’un million de personnes dans le monde tous les ans et entraînant 60 000 décès.

Les rongeurs sont particulièrement prolifiques : ils ont souvent plusieurs générations par an et des portées nombreuses. Ils sont aussi largement distribués géographiquement, présents dans la plupart des milieux naturels, mais aussi dans les milieux semi-naturels ou urbains comme les grandes métropoles. De plus, ils interragissent extrêmement fréquemment avec l’homme. On les trouve dans les bidonvilles où rats et souris circulent en permanence et en abondance à proximité immédiate de millions d'habitants en situations socio-économique et sanitaire extrêmement précaires. Sur certains continents, en Afrique, en Asie et en Amérique du Sud, des espèces de rongeurs sont régulièrement consommées, et leur élevage se fait parfois dans des conditions d'hygiène désastreuses. Ailleurs, les hamsters, cobayes, mériones et autres tamias tiennent lieu d'animaux de compagnie, et proviennent souvent d'animaleries où la surveillance sanitaire peut s’avérer imparfaite. Toutes ces situations aboutissent à des contacts innombrables entre humains et rongeurs et l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) estime que 400 millions de personnes sont infectées chaque année par un pathogène dont l'écologie peut impliquer les rongeurs. Si plusieurs de ces pathogènes infectant les rongeurs ne peuvent être transmis que du rongeur à l'humain, mais pas d’un être humain à l’autre (ce qui limite le risque de grandes pandémies) la dissémination de certains autres, tels le bacille de la peste (Yersinia pestis) ou le virus de la fièvre hémorragique de Lassa peut devenir interhumaine. Ce qui est plus préoccupant c’est que certaines espèces de rongeurs savent exploiter tout autant les milieux sauvages que les environnements domestiques. Cette capacité leur confère parfois le rôle de « pont » : en naviguant entre l'environnement sauvage, où elles côtoient une diversité biologique plus grande, donc un spectre de pathogènes zoonotiques potentiellement plus large, et le milieu où nous vivons, elles sont susceptibles de contribuer au transport de maladies, et ainsi de nous exposer à des pathogènes qui circulent habituellement au sein des populations sauvages. C'est par exemple le cas du rat noir Rattus rattus, qui transporte à Madagascar la bactérie responsable de la peste et des souches de bacille de la peste, résistantes à plusieurs groupes d’antibiotiques utilisés pour traiter les malades, ont été récemment isolées chez des rats malgaches. Qu'adviendrait-il si ces souches mortelles et mutantes se mettaient à circuler massivement chez les rongeurs des villages ou des bas quartiers des villes de Madagascar où la peste sévit chaque année ? Qu'en serait-il si des rats porteurs de bacilles multi-résistants aux antibiotiques voyageaient de port en port avec les navires marchands. Notons également le statut de NAC de certains de ces rongeurs…

Situés au carrefour des santés humaines, animales et environnementale, les vétérinaires ont un rôle primordial à jouer lorsqu’une nouvelle menace zoonotique se produira. C'est ce que l'on appelle la démarche «Eco Health» qui vise à une compréhension écosystémique de la santé, à l'interface entre l'humain et l'animal vue dans toutes ses dimensions environnementales et sociétales

Pour en savoir plus, lire dans The Conversation l’article de Gauthier Dobigny.

Et aussi….

Traçabilité du virus dans les eaux usagées dans le monde : The Scientist Chris Baraniuk Dans le communiqué n°5 nous avions indiqué que des chercheurs français et néerlandais avaient trouvé des traces du coronavirus dans eaux usées. C’est aussi le cas en Espagne, explique Pilar Domingo-Calap https://www.uv.es/docapi/ de l’Université de Valence https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.23.20076679v2Une enquête similaire a été réalisée en Italie https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.25.20079830v2. Les anglais devraient lancer leur programme bientôt annonce Andrew Singer https://www.ceh.ac.uk/staff/andrew-singerdu centre d’Ecologie et d’Hydrologie du Royaume Uni. Un moyen simple et peu cher de suivre l’évolution de la pandémie. 

Risque zoonotique

-Deux élevages de visons atteints de plus, aux Pays-Bas - des lapins suspectés.

Les chinois s’inquiètent du statut de leurs élevages d’animaux à fourrure (50 millions d’animaux par an) et souhaitent que ceux-ci soient classés comme animaux d’élevage. Il s’agit des visons et des chiens viverrins dont on connaît la sensibilité au Sars-CoV-2 (en particulier les visons). Cette demande concernerait aussi les renards argentés et les renards bleus. Mais certains font remarquer que les marchés d’animaux vivants suspectés de favoriser la circulation des coronavirus présentent aussi parfois des animaux à fourrure 

-Le Yak en question pour être un hôte intermédiaire du Sars-CoV-2.

-Les chercheurs mobilisés pour sauver les grands singes 

-En Espagne,un chat, euthanasié du fait d'une grave maladie respiratoire, a été testé positif pour le Sars-CoV-2. Il vient d’un quartier de Barcelone où plusieurs familles ont été contaminées.Il s’agit du 6ème cas observé chez un chat dans le monde (Hong Kong, Belgique et France pour un cas, New York pour deux cas)

-A Bordeaux, un chat détecté positif avec des signes respiratoires.

-Et toujours… les chats 

Recherche & nouvelles perspectives:

-Les autopsies révèlent la dimension vasculaire de la maladie par Sara de Lacerda dans Science et Avenir du 7 Mai 2020.

-Rôle du système fibrinolytiquede la transmission aux organes et séquelles.

-Cibler les macrophages : À Villejuif, l’équipe de Jean-Luc Perfettini travaille sur une nouvelle stratégie thérapeutique pour contrer le Covid-19 : la reprogrammation fonctionnelle de cellules du système immunitaire, les macrophages."Ces cellules ont la capacité de passer d’un état anti-inflammatoire à un état pro-inflammatoire selon les situations et les maladies", explique-t-il dans la Lettre de l’INSERM du 10 mai.

-Même les malades lupiques sous chloroquine peuvent attraper le COVID-19.

-Une équipe française du CEA conteste les effets de l’hydroxychloroquine chez des singes, même à de très fortes doses. A mettre en perspective avec la toxicité rétinienne de l’hydroxychloroquine

Lutte contre le COVID-19 : où sont passés les vétérinaires ?

Le Professeur François Meurens(ONIRIS) rappelle dans The Conversation

Que l’implication des vétérinaires dans l’approche holistique (globale) de la santé de par leur formation en pathologie comparée. Ils s’intéressent indirectement à la santé humaine par le contrôle des denrées alimentaires et dans la prévention des zoonoses. Le Professeur François Meurens s’interroge sur les raisons qui font que les vétérinaires ne sont pas assez sollicités malgré leurs contributions à des découvertes majeures notamment dans le domaine de l’immunologie et de la microbiologie (Gaston Ramonet Edmond Nocard), des vaccins (Camille Guérin et Albert Calmette), les inventeurs du BCG vaccin contre la tuberculose (voir infra) et Auguste Chauveau qui a conduit des travaux remarquables en microbiologie notamment sur le passage de la barrière d’espèce (passage pour un agent pathogène d’une espèce à une autres), d’une actualité dramatique. Il déplore un cloisonnement néfaste entre les deux médecines, une structuration séparée des deux enseignements, le manque chronique de financement dans la recherche animale, en France, comparé aux moyens alloués en Allemagne au Friedrich Loeffler Institute (voir communiqué n°3) et les 23 millions de dollars alloués à  Vido-InterVac au Canada, rien que pour la recherche de vaccin sur le COVID-19. Et pourtant face à la multiplication des émergences virales, il y a urgence à revaloriser et à décloisonner tous les secteurs de la Santé, une demande déjà formulée dans un rapport de l’Académies des Sciences sur « la maîtrise des maladies infectieuses -  un défi de santé publique, une ambition médico-scientifique » rédigé par notre collègue le Professeur Gérard Orthet le Professeur Philippe Sansonetti 

datant de….2006(sic) et qui recommandait (p 371) : 

•    –  une collaboration approfondie entre une recherche académique de pointe et la recherche industrielle ;

•    –  une meilleure coordination des systèmes nationaux et transnationaux de veille, d’alerte et d’intervention ;

•    –  une prise de conscience de la nécessité d’intégrer l’ensemble de la pathologie animale et humaine dans un concept global d’enseignement et de recherche;

•    –  une meilleure éducation de la population afin de l’aider à percevoir, comprendre et maîtriser le risque infectieux.

Enfin, des blocages administratifs et techniques empêchant les laboratoires vétérinaires, universitaires et industriels de mettre rapidement en œuvre un nombre considérable de tests. Ces blocages n’ont pas eu lieu en Allemagne et au Canada.

Et pourtant il y a un réel besoin urgent de développer la recherche sur les animaux de compagnie et le bétail rappelle Tracey McNamara dans Vector-Borne & Zoonotic Diseases.Cet article publié le 5 mai présente une liste des informations urgentes à connaître : la potentialité représentée par les animaux de compagnie d’être des réservoirs ; les conséquences pour la sécurité alimentaire, l’économie et le commerce du bétail et des volailles liées au coronavirus lui-même ; le possible impact de l’anosmie (si elle est confirmée) empêchant chez les chiens des forces de l’ordre d’effectuer leurs missions dans la lutte contre les trafiquants et le terrorisme. L’auteure rappelle que les données actuelles ont été souvent fortuites et faites sur un faible nombre d’animaux. Il est urgent et nécessaire d’obtenir des informations cliniques et épidémiologiques, notamment de la parte des vétérinaires, sur un plus grand nombre d’animaux, afin de mieux évaluer le risque zoonotique. 

COVID-19 – de la nécessité de publier en temps réel : est-il possible de concilier rapidité et fiabilité des informations ?

La pandémie de coronavirus a bousculé la façon de publier et de diffuser les données de la recherche scientifique et médicale : des données fiables doivent être diffusées le plus rapidement possible, pratiquement en temps réel.

Alexandre Hocquet de l’Université de Lorraine revient sur le processus d’évaluation par les pairs, travail de plus en plus difficile et parfois très lent. Cependant en temps de crise et avec des moyens il est possible de faire des études préliminaires en 15 jours et de publier les résultats en 2 jours mais la critique va très vite et un article est souvent considéré comme bon selon le prestige de la revue dans lequel il paraît au détriment de l’évaluation de son contenu proprement dit PubPeer a été créée en 2012 pour créer un forum de discussion sur le modèle d’un journal club; réunion de laboratoire au cours de laquelle on critique les publications : c’est une forme d’évaluation par les pairs après la parution de l’article : on commente l’article mais on ne le modifie pas. Ainsi l’article du Professeur Didier Raoult présentant ses résultats a été commenté par un commentateur qui a ré-analysé les données fournies par le Professeur Didier Raoult dans son article princeps faisant ressembler celui-ci à une publication en temps réel. Afin d’éviter des dérives dans le commentaires, PubPeer s’est donnée des règles pour veiller à ce que l’attention soit portée sur le contenu (et non sur l’auteur). Certes, les institutions scientifiques encouragent les chercheurs à publier « ouvert »à rendre accessibles leurs données mais aussi critiquent les initiatives ouvertes qui échappent à leur contrôle rendant quasi inexistant la critique post-publication. Les règles éditoriales doivent changer, c’est le cas pour certaines qui transforment une version de référence (version of record) en un enregistrement de plusieurs versions (record of versions). Malheureusement les revues scientifiques les plus prestigieuses, celles qui font et défont les carrières sont adeptes du statut quo et pour cause leur modèle économique n’a pas intérêt à changer….

COVID-19 – nouvelles perspectives : Pourquoi le BCG serait-il efficace ?

C’est la question que pose Antony King dans The Scientist. Une étude observationnelle a montré que la vaccination contre le BCG diminuait l’amplitude du pic de l’épidémie. Une autre portant sur une vingtaine de pays qui ont une politique publique de vaccination BCG montre une corrélation avec une morbidité et une mortalité au COVID-19 inférieures (Aaron Miller). Christine Stabell Benn de l’University of Southern Denmark a montré que la vaccination BCG réduisait la mortalité infantile globale liée aux maladies infectieuses virales. 

Mihai Netea propose un mode d’action du BCG fondé sur l’immunité innée. En effet, les prix Nobel de médecine 2011 (Hoffmann, Beutler et Steinman) avaient découvert qu’il existait des récepteurs innés, sorte de « portails » de l’immunité.

Mihai Neteaa montré que la vaccination avec le BCG provoquait une forte libération locale de cytokines dérivée des monocytes en réponse à des agents pathogènes bactériens et fongiques autres et que la fonction des monocytes circulant persistait pendant au moins trois mois. Il émet l’hypothèse que la vaccination avec le BCG induit une forme «d’entraînement immunitaire» grâce à la reprogrammation épigénétique des cellules de l’immunité innée. Ainsi, après une vaccination initiale de BCG les réponses immunitaires des autres vaccinations seraient elles augmentées. Ce qui a démontré en vaccinant des adultes volontaires avec un virus atténué de la fièvre jaune. Les patients adultes volontaires vaccinés au BCG un mois auparavant ont présenté une quantité de virus bien moindre que les placebos. Netea en déduisit que chez les sujets vaccinés préalablement « il y a plus de production de cytokines pré-inflammatoires. Les cellules immunitaires sont recrutées plus facilement sur le site de l'infection et ces cellules sont plus efficaces pour tuer et éliminer le virus ». Ce sont sur ces hypothèses que plusieurs essais cliniques ont débuté chez des adultes volontaires dans plusieurs pays (Pays-Bas, Australie, Danemark, Allemagne, USA, Grèce et France). 

Pour en savoir plus sur l’immunité innée lire Ruth Williamsdans The Scientist.

Dernière minute : comment les anti-corps du Lama pourraient nous sauver ?

COVID-19 – Pourquoi l’obésité est-elle un facteur aggravant ? Les chats obèses seraient-ils aussi sensibles ?

Le 7 mai, The Conversation interwievait Frédéric Altare (INSERM-Centre de recherche en cancérologie et immunologie (Nantes-Angers - CRCINA). 

La masse graisseuse est constituée de cellules spécialisées dans la métabolisation du gras, appelées adipocytes. Elles sont capables d’usiner les lipides apportés par l’alimentation afin de les utiliser (par exemple : construire et régénérer les membranes cellulaires), ou bien de les stocker pour servir ultérieurement de source d’énergie pour la cellule.Quand la quantité de gras fournie par l’alimentation est normale, ce métabolisme (appelé métabolisme oxydatif) fonctionne bien.Les cellules graisseuses stockent les lipides et se multiplient. Quand la proportion de gras fournie par l’alimentation augmente trop et que les adipocytes sont débordés afin de faire face à la suraccumulation de lipides, ils mettent en place une chaîne de traitement secondaire, appelée métabolisme non oxydatif. Ce métabolisme alternatif usine lui aussi les lipides alimentaires, mais au lieu de produire des constituants utilisables pour les membranes des cellules, il produit d’autres composés, notamment des céramides. Ces derniers sont très peu stockés par les adipocytes, qui les relarguent à l’extérieur. Or les céramides favorisent l’inflammation. A leur contact, les cellules du système immunitaires (majoritairement des macrophages de type M1, pro-inflammatoires) s’activent et produisent à leur tour de nombreux composés favorisant l’inflammation (cytokines IL-1 ou IL-6, les deux principaux médiateurs de l’inflammation) qui vont à leur tour attirer d’autres cellules immunitaires engendrant un cercle vicieux.

En cas d’infection par le coronavirus Sars-CoV-2, le système immunitaire réagit en produisant notamment des anticorps en 7-10 jours. Certains de ces anticorps sont neutralisants mais d’autres sont facilitants (ils n’empêchent pas le virus de pénétrer dans la cellule) et vont activer les macrophages et d’autres cellules immunitaires, ce qui favorise l’inflammation qui s’emballe. Au bout de 7-10 jours (durée de production des anticorps), un véritable orage cytokinique se déclenche, détruisant, à terme, les organes (poumons, foie, cœur, etc…). Le nombre de macrophages étant très nombreux chez les personnes obèses, on comprend que la réaction inflammatoire va être très importante : le tissu adipeux fonctionnant comme un second système anti-inflammatoire. 

Des stratégies de traitement s’appuient sur ce mécanisme comme le tocilizumab (anti-IL-6) mais il est limité car les anti-inflammatoires peuvent limiter la lutte contre le virus : d’une part on diminue l’inflammation pour sauver les organes mais d’autre on empêche la lutte efficace contre le virus. Chez les individus maigres, les macrophages M2 (anti-inflammatoires) prédominent et freinent l’induction de l’inflammation due au gras. Ils sont aidés par des lymphocytes régulateurs dont le rôle est d’éteindre la réaction inflammatoire ou la réponse immunitaire. Une autre piste intéressante est intéressante : des travaux ont révélé que le microbiote des gens obèses était différent de celui des gens non obèses. Certaines bactéries qui sont absentes chez les personnes obèses sont habituellement responsables de l’émergence de lymphocytes régulateurs. On n’en sait pas encore la raison mais il est probable que leur absence explique pourquoi les lymphocytes régulateurs sont moins nombreux, voire absents du tissu adipeux des personnes obèses. Cela expliquerait pourquoi l’inflammation flambe sans contrôle chez elles. Non seulement les céramides l’activent, mais de plus les cellules censées la limiter ne sont pas là… C’est la double-peine ! selon Frédéric Altare. 

Il est intéressant de noter que le chat est à double titre un modèle animal intéressant ; a) selon une étude récente de Malin Öhlund paru en 2018 dans Acta Veterinaria Scandinavica, 45% des chats sont en surpoids ou obèse et b) parmi les animaux de compagnie, il semble être sensible au Sars-CoV-2 (voir communiqué n°5). Un exemple de l’implication des vétérinaires dans l’approche holistique de la santé, l’obésité étant un problème de santé publique et de santé animale.

Et aussi….

Outils numériques

-L’Institut français de bio-informatique (IFB)met en place une collecte des besoins en matière d’informatique et d’analyse de données pour affronter la crise sanitaire COVID-19 et offre l’appui de ses ressources humaines et informatiques pour épauler les équipes directement impliquées.

L’action de l’IFB renforce d’autres initiatives internationales telles qu’Elixir et Galaxy.

-L’ambassade de France aux USA met une carte à disposition des chercheurs une carte géographique et temporelle des publications sur le COVI-19 : cord19 dashboard.

-DansLaList : le Fonds national Suisse de la recherche scientifique (FNS) : la science ouverte est une nécessité et pas seulement en temps de crise. Des publications de chercheurs chinois retirés des publications car jugées « sensibles ».

Essais cliniques : résultats et difficultés administratives pour DisCoVery

-la chlorpromazine, va faire l’objet d’un premier essai clinique exploratoire en France chez des patients sous oxygène atteints de la maladie Covid-19, selon le Dr Marion Plaze de l’hôpital Sainte-Anne à Paris, responsable de l’essai. « L’essai pilote, baptisé reCoVery, doit démarrer cette semaine sur 40 patients Covid-19 hospitalisés, non psychiatriques ».

-la Chloroquine et l’hydroxychloroquine : trois nouveaux articles 

une étude multicentrique chinoise comportant 363 (à noter que groupe contrôle est très hétérogène).

une étude chinoise portant sur 568 patients montre des résultats identiques à ceux du Professeur Didier Raoult.

une étude espagnole comportant 166 patients.

-5 mai : Pourquoi la fiabilité des tests anticorps varie autant : Diana Kwon répond dans The Scientist.

-7 mai, dans une dépêche de l’AFP, Lemonde.fr l’essai clinique européen DisCovEry, destiné à trouver un traitement efficace contre le Covid-19, prend plus de temps que prévu à se déployer hors de France en raison de « difficultés réglementaires», a expliqué la Professeure Florence Ader, infectiologue qui pilote ce projet. « Nous ne rencontrons pas de mauvaise volonté, nous rencontrons des difficultés réglementaires », appelant à davantage « d’harmonisation des procédures européennes » en matière d’essais cliniques. 

Recherche

-Un anticorps monoclonal capable, en laboratoire, de neutraliser le virus Sars-CoV-2 a été identifié par une équipe de chercheurs néerlandais (Berend-Jan Bosch et Frank Grosveld.

-Dans The Scientist : Ruth Williams décrit l’utilisation de chromosomes artificiels de levures pour cloner le génome du coronavirus. Article à lire dans la revue Nature . 

et toujours….les chauves-souris et les chats

-Scientific Reports : Phyléogéographie des chauve-souris dans l’océan indien

-Dans la Dépêche Vétérinaire du 6 mai:premier chat atteint de COVID-19 transmis vraisemblablement par son propriétaire à Savigny-sur-Orge…

Risque zoonotique : l’étau se resserre sur les félidés et les mustélidés 

Les données cliniques : un premier cas fatal chez un tigre…

-Pour les Felidae, le 27 avril, un tigre du parc national de Pench dans la Province du Madhya Pradesh en Inde est la première victime du COVID-19 après avoir présenté une fièvre persistante et une pneumopathie. Bien que les soigneurs aient été placés en quarantaine et qu’ils n’ont présenté aucun symptôme à la fin de leur quarantaine,le parc a été fermé aux visiteurs. L’origine de la contamination est inconnue à ce jour.

Rappelons que 5 autres tigres et 3 lions ont été testés positifs au SARS-CoV-2 dans un zoo du Bronx à New York le 22 avril. Dans ce cas il est probable que la contamination ait eu lieu par un gardien malade. 

En Belgique, le 27 mars, un chat a été diagnostiqué positif avec des symptômes respiratoires (toux et dyspnée) et digestifs (anorexie, diarrhée, vomissements). Les liquides gastriques et fécaux étaient positifs en PCR. Sa propriétaire était atteinte de COVID-19. L’état clinique de l’animal s’est amélioré. 

A Hong-Kong, le 3 avril, un chat dont le propriétaire était contaminé par le COVID-19 et hospitalisé a été testé positif au SARS-CoV-2 à la suite de prélèvements nasaux et de la cavité buccale. 

A New York, deux chats ont été testés positifs avec des symptômes respiratoires. Pour l’un, le propriétaire avait été diagnostiqué atteint du Covid-19 avant l’apparition des symptômes chez son chat. Pour l’autre, le propriétaire était asymptomatique

Dernière minute : à l’Ecole Vétérinaire d’Alfort, un chat présentant des signes cliniques (respiratoire et digestif), a été dépisté positif par qRT-PCR....

-Pour les Mustelidae, le 26 avril, deux fermes comportant plus de 20 000 visonsd’élevage avaient été contaminées par le virus du Covid-19. Des tests ont été réalisés chez les animaux suite à l’apparition de symptômes respiratoires avec une augmentation du taux de mortalité mais aussi du fait d’une suspicion de Covid-19 chez plusieurs techniciens de ces fermes situées dans le Brabant du Nord au cœur de l’industrie néerlandaise du vison et qui est aussi l’épicentre de l’épidémie de Covid-19. Dans cette zone il existe encore 160 fermes d’élevage de visons 

Les données épidémiologiques -  recherche d’anticorps et tests PCR chez le chat de compagnie

-en Chine, à Wuhan, pendant l’épidémie, une enquête sérologique (ELISA) portant sur 102 chats a montré que 15 d’entre eux se sont révélés positifs. Les taux d’anticorps les plus importants étant ceux appartenant à des propriétaires atteints du COVID-19. Dans cette enquête, des sérologies effectuées chez 39 autres chats, avant l’épidémie, s’étaient toutes révélées négatives. 

-aux USA, entre le 24 février et le 12 mars, plus de 1600 tests de diagnostic PCR  Idexx Sars-Cov-2 ont été réalisés chez des chats: tous se sont révélés négatifs. 

-en France, une étude portant sur 9 chats vivant étroitement avec des étudiants (dont 13 avaient présentés des symptômes de COVID-19), se sont tous révélés négatifs. 

Les données expérimentales

-une étude chinoise publiée le 8 avril dans Science a présenté ses résultats après inoculations,par voie intranasale, de fortes doses de deux souches du Sars-CoV-2 prélevés chez des personnes malades du COVID-19, à des chats et à des furets. 

Chez les furets, afin d’évaluer la réplication virale, des animaux ont été euthanasiés 4 jours après inoculation : des tests PCR ont été réalisés dans plusieurs organes. Seules les voies respiratoires supérieures ont révélé l’existence de virus. Afin d’évaluer les effets de l’inoculation, 6 animaux inoculés placés dans différentes cages ont été confinés dans le même local. Les auteurs ont suivi l’évolution clinique (incluant la mesure de température) et effectuer des prélèvements (oro-pharyngés et fécaux) régulièrement pendant 20 jours au bout desquels les animaux ont été euthanasiés. Chez tous les animaux, de l’ARN viral a été détecté dans le liquide de lavage nasal et seulement des traces dans les liquides fécaux. Deux animaux ont présenté des signes cliniques de maladie entre le 10èmeet le 12èmejour après inoculation : ils ont été euthanasiés. Pour tous les animaux, les autopsies ont révélé des signes majeurs d’inflammation généralisée incluant les poumons mais seulement des traces d’ARN viral dans les cavités nasales. Tous les animaux présentaient des titres d’anticorps anti Sars-Cov-2, (ELISA) mais ils étaient particulièrement faibles chez les deux animaux ayant présentés des signes cliniques et qui avaient été euthanasiés entre les 10èmeet 12èmejours après inoculation. Les auteurs ont conclu que, chez le furet, le virus Sars-Cov-2 peut se répliquer dans les voies respiratoires supérieures pendant 8 jours sans exprimer de signes cliniques.

Chez les chats, ces mêmes auteurs ont suivi le même protocole : ils ont inoculé par voie intranasale, de fortes doses de deux souches du Sars-CoV-2 prélevés chez des personnes malades du COVID-19 à 7 jeunes chats adultes. 

Afin d’évaluer la réplication virale, le protocole incluait des euthanasies au 3èmeet au 6èmejour après inoculation. Ils ont également évalué la transmission virale en plaçant, dans le même local et de façon très rapprochée, 3 animaux inoculés avec 3 animaux non-inoculés.

Le recueil des fécès a été effectué régulièrement chez tous les animaux et la recherche d’ARN viral a été faite dans les organes, pour les animaux euthanasiés. 

L’étude de la réplication virale a montré que : pour les deux animaux euthanasiés au 3èmejour après inoculation, l’ARN viral était présent dans les voies supérieures, dans les poumons et l’intestin grêle. 

Pour les deux animaux sacrifiés au 6èmejour après inoculation, l’ARN viral n’était plus présent dans les poumons et il n’y avait que des traces dans le tractus digestif.

L’étude de la transmission virale chez les animaux en contact rapproché (3 inoculés et 3 non inoculés) a montré que : chez les 3 animaux inoculés, l’ARN viral a été retrouvé dans les fécès pour 2 d’entre eux au 3èmejour et pour les 3, au 5èmejour après inoculation. De l’ARN viral a été retrouvé dans les fécès de l’un des 3 animaux non inoculés au 3èmejour après l’inoculation de ses voisins. Le 11èmejour après l’inoculation, un des animaux présentant de l’ARN viral dans les fécès dès le 3èmeet ce chat non inoculé qui présentait aussi de l’ARN viral dans ses fécès dès le 3èmejour, ont été euthanasiés. De l’ARN viral a été trouvé dans les voies respiratoires supérieures des deux animaux. Les animaux restants (deux inoculés et deux non inoculés) ont été euthanasiés le lendemain. L’ARN viral n’a été retrouvé que dans les voies respiratoires supérieures des seuls animaux inoculés.

Les auteurs ont reproduit la même étude chez 10 chatons (70-100 jours), montrant la même contamination entre animaux par voie aérienne avec des examens histologiques révélant des lésions 3 jours seulement après inoculation du virus. 

-Une étude coréenne publiée dans Cell Host Microbe rapporte les résultats d’une inoculation expérimentale de fortes doses de virus à 24 furets. Les auteurs ont retrouvé du virus dans les cavités nasales, la salive, l’urine et les fécès jusqu’au 8ème  jour suivant l’inoculation. Ils ont montré la contagiosité directe d’animal à animal mais également indirecte par voie aérienne. Les auteurs ont aussi montré que l’infection persiste longtemps chez l’animal avec possibilité de portage asymptomatique.

-Une étude allemande du Friedrich Loeffler Institute effectuée sur 24 furets confirme la sensibilité de cette espèce au Sars-CoV-2. (voir communiqué du Groupe « veille scientifique & actualités » n°2).

Le comportement nomade des chats présente-t-il un risque ?

En période de confinement humain, l’espace se libère pour les animaux que nous maintenions à l’écart constate Olivier Juszczak dans 20 minutes : les animaux réinvestissent l’espace délaissé par les humains . On peut apercevoir des renardeaux au cimetière du Père Lachaise, des cerfs en ville, à Nara, au Japon ou à Trinquemaly au Sri Lanka et des singes à Lopburi en Thailande. Il en est de même avec les oiseaux et les…..mustélidés que nos chats nomades peuvent rencontrer au hasard de leurs promenades. 

Il y a 85 millions de chats en Europe dont 13,5 millions rien qu’en France selon le dernier rapport (2019) de la Fédération Européenne Vétérinaire (FVE) (voir page 42).

Le nombre de chats dépasse celui des chiens (75 millions en Europe) auxquels on peut ajouter les 22 millions de chats en Russie….

Ces chiffres sont confirmés par la FEDIAF (European Pet Food Industry), 80 millions de foyers de la CEE ont au moins un animal de compagnie. Parmi ces foyers, 25% ont au moins 1 chat. Le chiffre d’affaire généré en 2018 par l’industrie alimentaire des animaux de compagnie était de 21 milliards d’euros auxquels il faut ajouter 18 milliards pour des produits dérivés. La croissance est de 2,5% par an…

Considérant que les furets et autres mustélidés font aussi partie des NAC, il ne faudrait pas que la pandémie de COVID-19 ne deviennent aussi une panzootie s’interrogent Rania Gollkaner & Ilaria Capua du « One Center of Excellence » de l’Université de Gainesville en Floride?

En ligne de mire, chats, lions, tigres, furets….Mais est-il possible de retenir un chat qui a l’habitude de sortir même si avec son/sa propriétaire ils peuvent suivre une exposition virtuelle consacrée à la place des chats dans l’histoire de l’art proposée par l’Universal Museum of Art…

A suivre donc, car comme l’a souligné Eric Leroy dans un article publié dans le Bulletin de l’Académie Vétérinaire, « la barrière d’espèce n’est pas si imperméable » et le nombre de chats est très important.

A lire aussi : Covid-19 et aspects vétérinaires : actualités au 27 avril 2020 par Jeanne Brugère-Picoux.

Combattre le Sars-CoV-2 : tous les moyens sont mis en œuvre – partage des données - vaccins - repositionnement de médicaments 

Pour aider les chercheurs : Partager des données

La commission européenne lance une plateforme de partage de données pour les chercheurs (à lire dans La List) appelée covid19 data-portal qui fait partie du plan d’action ERAvsCorona mis en place le 7 avril dernier. 

Chris Baraniuk présente dans The Scientist du 30 avril les différents récepteurs au Sars-Covid-19.

Vaccins : les difficiles pistes à suivre

Jean Peccoud du Colorado State University présente dans The Conversationles difficiles pistes à suivre pour essayer de développer rapidement d’un vaccin contre le Sars-CoV-2.

Pascal Dayet-Burgeon directeur du bureau du CNRS à Bruxelles précise le 28 avril que l’Europe de la recherche s’est mise en place très rapidement avec son plan d’action EravsCorona pour accélérer la mise au point d’un vaccin et d’un traitement.

Antiviraux: polémiques sino-américaines sur le remdesivir

Selon une dépêche de l’AFP en date du 30 avril, un essai clinique portant sur un millier de patients utilisant l’antiviral expérimental remdesivir, aurait « un effet clair, significatif et positif pour réduire le temps de rétablissement des patients » selon Anthony Fauci. Catherine Offord fait le point dans The Scientist. Ces résultats sont contredits par une équipe chinoise qui vient de publier un article dans The Lancet.

Le repositionnement des médicaments

Après la chloroquine, le diltiazem, inhibiteur calcique bradycardisant diminuant la réplication du virus prend du service pour Manuel Rosa-Calatrava directeur du laboratoire Virpath dans le Figaro du 26 avril explique pourquoi il est important de repositionner des médicaments pour accélérer la mise à disposition de traitements en attendant des vaccins. C’est ce que fait le Professeur Didier Raoult avec la Chloroquine et l’hydroxychloroquine. Il vient de publier les résultats d’une cohorte de plus de 1000 patients dont plus de 90% ont été guéris. Malgré ces résultats, la polémique continue et d’autres équipes n’ont pas obtenus les mêmes résultats selon le groupe Guidelines COVID-19 des Hôpitaux Universitaires de Genève qui fait le point sur les essais cliniques en cours.   

Et aussi….

-23 avril : Sébastien Wurtzer (Eau de Paris), Jean-Marie Mouchel (Sorbonne Université), RémyTeyssou (Institut de recherche biomédicale des armées), Yvon Maday (Sorbonne Université, co-fondateur de l’initiative Covid-IA), Vincent Rocher (SIAAP) et Laurent Moulin (Eau de Paris) traquent l’ARN viral présent dans les eaux usées. Ils expliquent l’intérêt de cette démarche dans TheConversation pour Paris en suivant l’exemple de Gertian Medema aux Pays-Bas. Des prélèvements permettraient d’effectuer un traçage épidémiologique du virus excrété dans les eaux usées : un outil qui pourrait être utile pour dépister une reprise de l’épidémie…les sujets asymptomatiques excrétant du virus….A suivre…

-le 27 avril : l’œil est bien une porte d’entréedu COVID-19 selon la SFO (Société Française d’Ophtalmologie.

-le 28 avril : On ne sait toujours pas si les anticorps responsable de la séropositivité protègent contre une deuxième infection…lire Catherine Offord dans The Scientist 

-le 29 avril : Philippe Grandcolas et Jean-Lou Justine l’écrivent dans The Conversation: la pandémie COVID-19 maltraite la biodiversité et dénoncent l’attirance pour les espèces exotiques déjà en 2007 Vincent Cheng dans Clinical Microbiology Reviews parlait de bombe à retardement ! 

-le 30 avril : Non ! Les chauves-souris australiennes ne transmettent pas le COVID-19 par Pia Lentini dans The Conversation mais elles sont sensibles aux facteurs de stress environnementaux qui les rendent plus sensibles aux infections virales…

 -le 2 mai :Jeanne Brugère-Picoux renchérit en disant « Les chauves-souris sont inoffensives si on ne modifie pas leur écosystème. ». Interview à lire dans Télérama (n° 3668) du 2 au 8 mai« Protégeons leur habitat ! »

Covid-19 et aspects vétérinaires: Actualités au 27 avril 2020
(Jeanne Brugère-Picoux)

Animaux contaminés par l’Homme Covid-19 positif (chat, chien, tigre, lion, vison) 
Depuis le premier cas du 26 février d’un chien contaminé par sa propriétaire atteinte du Covid-19 à Hong Kong, la possibilité d’une contamination Homme-animal par le virus responsable (Sars-CoV-2) a été observée également chez d’autres carnivores à Hong Kong, en Belgique, aux États-Unis et aux Pays-Bas.
Le premier chien de Hong Kong était un Loulou de Poméranie âgé (17 ans), mis en quarantaine le 26 février et sans signes cliniques. Les prélèvements nasaux et oraux se sont révélés faiblement positifs pour la recherche de l’ARN viral par RT-PCR à 5 reprises puis les derniers prélèvements se sont révélés négatifs. Les prélèvements rectaux ont été négatifs.
Ce chien est mort deux jours après son retour de quarantaine chez sa propriétaire, le 16 mars, à la suite de déficiences rénales et cardiaques. Et ce n’est qu’après ce décès, le 26 mars, que l’on a appris que la recherche d’anticorps sur un prélèvement sanguin, du 3 mars, s’était révélée finalement positive. Du fait des faibles valeurs de PCR, on peut penser que l’infection développée par le chien a été trop faiblement productive pour attester d’un risque de contagiosité.
Le second chien positif de Hong Kong est un berger allemand âgé de 2 ans envoyé en quarantaine depuis le 18 mars 2020 avec un chien négatif de race mixte de la même résidence [1]. Comme le cas précédent, il a été contaminé par son propriétaire et révélé positif lors de la recherche de l’ARN viral en RT-PCR, les 19 et 20 mars, mais sans présenter de symptômes. Les données concernant ce deuxième cas ne permettent pas de conclure à une infection productive.
Le troisième cas a été annoncé le 27 mars, chez un chat belge par le Comité scientifique (SciCom) institué auprès de l’Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire (Afsca) [2]. Le chat belge a été diagnostiqué positif par la faculté de médecine vétérinaire de l’université de Liège, le 18 mars. Le chat vivait chez sa propriétaire atteinte du Covid-19 après un voyage en Italie et confinée à son domicile. Il a présenté des symptômes (anorexie, diarrhée, vomissements, toux et respiration superficielle) une semaine après le retour de sa propriétaire. Les prélèvements de liquides gastriques et de matières fécales se sont révélés positifs en PCR. Dix jours plus tard, l’état du chat s’est amélioré mais d’autres examens n’ont pu être réalisés du fait du confinement du chat et de la propriétaire. Selon le SciCom, il n’est pas possible de conclure à une infection virale productive mais elle peut être suspectée du fait des symptômes compatibles avec une coronavirose. Mais le chat peut aussi avoir été un vecteur passif du fait de la forte contamination de l’environnement liée à sa propriétaire infectée et confinée.
Le quatrième cas concerne un chat de Hong Kong déclaré le 3 avril 2020 à l’OIE. Il a été placé sous quarantaine le 30 mars à la suite de l’hospitalisation de son maître contaminé par le Covid-19. Tous les échantillons ‘nasaux, cavité buccale, fèces) ont été positifs au Sars-CCoV-2 de même que le 1er avril pour des écouvillons nasaux et oraux. Ce chat reste sous surveillance.
Depuis, il a été annoncé le 5 avril que des tigres et des lions pouvaient être contaminés dans un zoo du Bronx avec l’apparition des signes cliniques et une confirmation de la présence du virus sur plusieurs animaux le 22 avril (5 tigres et 3 lions) [3].
Puis deux chats new-yorkais ont été déclarés positifs [4]. Le premier chat présentait des symptômes respiratoires alors qu’il n’y avait aucun cas de Covid-19 dans les habitants de la maison. Ce chat peut avoir été contaminé par une personne extérieure à son domicile ou son propriétaire asymptomatique. Le propriétaire du second chat avait été diagnostiqué atteint du Covid-19 avant l’apparition des symptômes chez son chat (troubles respiratoires), un autre chat présent au domicile n’ayant présenté aucun symptôme.
Enfin, le 26 avril 2020, le ministère de l’agriculture néerlandais a annoncé que deux fermes comportant plus de 20 000 visons d’élevage avaient été contaminées par le virus du Covid-19 [5]. Des tests ont été réalisés sur les visons suite à l’apparition de troubles respiratoires avec une augmentation du taux de mortalité mais aussi du fait d’une suspicion de Covid-19 chez plusieurs techniciens de ces fermes. Ces fermes sont situées dans le Brabant du Nord qui est au cœur de l’industrie néerlandaise du vison mais aussi l’épicentre de l’épidémie néerlandaise de Covid-19 (Il existe encore près de 160 fermes d’élevage de visons malgré leur interdiction en 2013 car celle-ci n’entrera en application qu’en 2024, les Pays-Bas étant actuellement le 3ème producteur après la Chine et le Danemark). L’institut de santé publique néerlandais (RIVM) a défini par précaution une zone d’interdiction pour les piétons et les cyclistes d’environ 400 m autour de chaque ferme. La ministre de l'Agriculture, Carola Schouten, a décrété que toute maladie suspecte devait être signalée aux autorités par les éleveurs de visons et les vétérinaires.
Il n’est pas étonnant que le vison soit sensible au Sars-CoV-2 car le furet qui lui est proche est l’animal qui s’est révélé le plus sensible à ce virus dans plusieurs conditions expérimentales. On ne connaissait jusqu’alors qu’un seul coronavirus chez le vison, pouvant être incriminé dans des diarrhées décrites chez les jeunes visons en 1990 par Gorham et al au Canada [6]. L’étude de ce coronavirus en 1992 par Have et al au Danemark [7] a montré par des analyses sérologiques (immunofluorescence, ELISA , immunoblot) que ce virus était proche des coronavirus porcins de la gastroentérite transmissible et de la diarrhée épidémique porcine, la recherche d’anticorps neutralisants étant négative.

Recherche d’anticorps chez les animaux de compagnie
Les laboratoires Idexx [8] ont mis au point un test de diagnostic Idexx Sars-Cov-2 (Covid-19) RealPCR test ND. Ce test a été réalisé sur près de 4000 échantillons respiratoires (77%) ou fécaux (23%), récoltés entre le 24 février et le 12 mars 2020 dans 50 états américains et en Corée du Sud où il existait des cas humains de Covid-19. Tous les animaux de compagnie testés [chiens (55%), chats (41%) et chevaux (4%)] se sont révélés négatifs. Une autre enquête sérologique (ELISA) réalisée chez des chats à Wuhan prélevés avant et après l’épidémie de Covid-19 a montré que le virus avait contaminé 11 chats sur les 102 prélevés après l’épidémie (les chats témoins prélevés avant l’épidémie étaient négatifs) [9]. Les taux d’anticorps les plus importants ont été relevés chez les trois chats dont les propriétaires étaient Covid-19 positifs (1/360, 1/360 et 1/1080). Enfin une dernière recherche d’anticorps a concerné en France 21 animaux (9 chats et 12 chiens) en contact étroit avec 20 étudiants de l’école nationale vétérinaire d’Alfort dont 13 avaient présenté les symptômes du Covid-19 (parmi lesquels 2 étudiants ont été confirmés positifs) [10]. Tous les animaux se sont révélés négatifs.      
Seule une étude sur une plus large échelle dans plusieurs pays très affectés est nécessaire pour connaître si le Sars-CoV-2 circule ou non chez nos animaux de compagnie pendant une période d’épidémie importante.

Reproductions expérimentales du Covid-19 chez des animaux
L’éditorial de la revue Nature du 1er avril 2020 rapporte les résultats des travaux réalisés par une équipe chinoise de l’institut de recherche vétérinaire de Harbin [11] démontrant que l’on pouvait reproduire expérimentalement par inoculation intranasale l’infection par des virus Sars-CoV-2 chez des animaux pouvant être de compagnie ou de ferme (furets, chats, chiens, poulets, porcs et canards). Il faut noter que dans ce document prépublié (n’ayant pas encore fait l’objet d’une validation), seul un petit nombre d’animaux ont été inoculés avec des fortes doses de virus. Le virus a été détecté dans les premières voies respiratoires des furets qui n’ont pas présenté de symptômes importants ou une mortalité. Cinq chats ont pu être infectés avec une excrétion virale dans les échantillons respiratoires et fécaux et une séroconversion. Il a été possible de démontrer que le virus pouvait être transmis par la voie aérienne sur l’un des trois chats en contact avec les chats inoculés. Les trois chiens inoculés ont montré une très faible sensibilité à l’infection virale. Enfin les porcs, les poulets et les canards ne se sont pas révélés sensibles.
Dans une seconde publication du 31 mars [12], une équipe sud-coréenne rapporte l’inoculation expérimentale de furets avec de fortes doses de virus. Chez ces furets, on a pu retrouver le virus dans les cavités nasales, la salive, l’urine et les fèces jusqu’à 8 jours suivant l’inoculation. Il a été aussi possible de démontrer une contagiosité chez des furets placés en contact direct dans la même cage que les furets inoculés. Pour quelques furets en contact indirect car placés dans des cages séparées, on a pu aussi démontrer la possibilité d’une transmission par la voie aérienne. Par comparaison avec les inoculations réalisées avec le Sars-CoV du Sras, les auteurs font remarquer que les aspects cliniques et les titres de virus dans les poumons sont plus faibles avec le Sars-CoV-2 mais que l’infection persiste plus longtemps chez l’animal, avec la possibilité d’un portage asymptomatique permettant la propagation du virus. Le furet peut néanmoins être un modèle animal pour l’étude de l’infection par le Sars-CoV-2 comme dans le cas de plusieurs viroses respiratoires humaines (virus influenza ou parainfluenza, virus respiratoire syncytial, Sars-CoV-1). Ce document prépublié ne concerne que 24 furets et n’a pas encore fait l’objet d’une validation.
Une étude ultérieure allemande du Friedrich- Loeffler-Institute [13] confirme la sensibilité du furet (24 animaux testés) et la résistance des porcs (9 testés) et des volailles (17 poulets testés) au Sars-CoV-2. Dans cette étude, 9 chauves-souris (roussettes/ Rousettus aegyptiacus) ont été aussi inoculées et ont répliqué le virus dans leurs premières voies respiratoires, contaminant aussi par contact une des trois chauves-souris testées.
Rappelons que des études antérieures sur le Sras-CoV à l’origine du syndrome respiratoire aigu sévère (Sras) avaient déjà montré expérimentalement que les chats pouvaient être infectés et contaminer d’autres chats sans que l’on ait montré un rôle épidémiologique des chats dans ce syndrome.

Les observations précitées ne permettent pas, actuellement, de conclure à une infection productive favorisant une éventuelle contagiosité animal-Homme ou animal-animal. L’Anses vient d’ailleurs de confirmer, dans un avis du 20 avril [14], que « les animaux domestiques (d’élevage et de compagnie) n’ont pas de rôle dans la transmission du virus du Covid-19 à l’Homme ». Les chauves-souris européennes sont porteuses de coronavirus très différents du Sars-CoV-2. Le risque d’une contamination ces espèces utiles et protégées par des personnes infectées est fort peu probable mais il importe de respecter leur écosystème.

Mesures de biosécurité
Ces observations ne modifient pas les recommandations formulées depuis le début de la pandémie. Il n’est pas nécessaire de séparer les animaux de la famille lorsqu’une personne est Covid-19 positive dans le milieu familial mais il faut renforcer les mesures de biosécurité habituellement recommandées pour éviter les zoonoses liées aux animaux de compagnie, notamment le lavage des mains, l’entretien de la litière ou l’apport des aliments tout en évitant un contact à risque avec l’animal (baisers, léchage, partage de la nourriture notamment).
Par conséquent, l’important est, lorsque la personne infectée est maintenue à domicile, de réduire au maximum les possibilités de contacts de l’animal avec celle-ci et de désinfecter son environnement. Il faut aussi recommander qu’une autre personne vivant sous le même toit s’occupe de l’animal.

Sars-CoV-2 et barrière d’espèce

Dans un article publié par l’Académie vétérinaire de France [15], Eric Leroy souligne que la « barrière d’espèce n’est pas si imperméable » avec les virus de type Sars-CoV-1 ou Sars-CoV-2 dont on connaît l’origine zoonotique, d’une part avec les chauves-souris du genre Rhinolophus mais aussi avec différents hôtes intermédiaires possibles dont la civette palmiste à masque pour le Sars-CoV-1 et le Pangolin asiatique (Manis javanica) pour le Sars-CoV-2, d’autres carnivores ayant été sensibles à l’un et/ou l’autre de ces virus (chats, chiens viverrins, furet). La protéine de surface (S) du Sars-CoV-2 intervient dans l’attachement du virus à la cellule hôte, la fusion membranaire et son entrée dans la cellule. La sous-unité de cette protéine (S1) permet l’attachement de Sars-CoV-2 à la cellule cible du fait de l’interaction entre un site de liaison, le receptor binding domain (RBD) et un récepteur situé à la surface de la cellule comme l’angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). Le RBD du Sars-CoV-2 aurait une affinité non seulement pour le récepteur ACE2 de l’Homme mais aussi pour plusieurs espèces animales, qu’il s’agisse d’animaux de compagnie (chiens, chats, furets) ou d’animaux d’élevage tels que les bovins, moutons ou chevaux. Comme les coronavirus pathogènes pour les chiens et les chats seraient issus d’une recombinaison au niveau de la protéine S, on ne peut exclure la possibilité (difficile à évaluer) d’une recombinaison en cas de co-infection avec le Sars-CoV-2.
Comme l’ont souligné Sun et al [16], « les similitudes de la séquence des récepteurs se liant au Sars-CoV-2 entre l’Homme et les animaux suggèrent une faible barrière d'espèce pour la transmission du virus aux animaux de ferme. Nous proposons, sur la base du modèle une seule santé, que les vétérinaires et les spécialistes des animaux soient impliqués dans une collaboration interdisciplinaire dans la lutte contre cette épidémie ».
[1] Les trois cas de Hong Kong ont fait l’objet d’une alerte sanitaire pour maladie émergente à potentiel zoonotique inconnu à l’Office international des épizooties :
www.oie.int/wahis_2/public/wahid.php/Reviewreport/Review/viewsummary;
<https://www.oie.int/wahis_2/public/wahid.php/Reviewreport/Review/viewsummary?fupser=&dothis=&reportid=33684>
<https://www.oie.int/wahis_2/public/wahid.php/Reviewreport/Review/viewsummary?fupser=&dothis=&reportid=33832
[2] urlz.fr/cfa1.
[3] www.theverge.com › pets-cats-tigers-bronx-zoo-covid-19-coronavirus
[4] edition.cnn.com/2020/04/22/health/cats-new-york-coronavirus-trnd/index.html
[5] www.dutchnews.nl › news › 2020/04 › coronavirus-identified-on-two-mink farms-in-the-Netherlands
[6]  Gorham JR et al.- Detection of coronavirus-like particles from mink with epizootic catarrhal gastroenteritis. Can J Vet Res. 1990 Jun; 54(3): 383–384.
[7]. Have P et al.- Coronavirus Infection in Mink (Mustela Vison). Serological Evidence of Infection With a Coronavirus Related to Transmissible Gastroenteritis Virus and Porcine Epidemic Diarrhea Virus. Vet Microbiol, 1992 Apr;31(1):1-10. doi: 10.1016/0378-1135(92)90135-g.
[8] urlz.fr/cfa7.
[9] Zhang Q et al. SARS-CoV-2 neutralizing serum antibodies in cats: a serological investigation.  doi.org/10.1101/2020.04.01.021196 (prépublication non validée).
[10] Temman S. et al- Absence of SARS-CoV-2 infection in cats and dogs in close contact with acluster of Covid-19 patients in a veterinary campus. bioRxiv preprint doi: doi.org/10.1101/2020.04.07.029090.
[11] Jianzhong Shi et al. Susceptibility of ferrets, cats, dogs, and different domestic animals to SARS-coronavirus-2. bioRxiv preprint 2020.03.30.015347v1.full.pdf
 [12] Young-Il Kim et al.  Infection and Rapid Transmission of SARS-CoV-2 in Ferrets. Journal pre-proof. CellPress.DOI: 10.1016/j.chom.2020.03.023.
[13] Beer Martin. COVID-19: Experimental infection of fruit bats, ferrets, pigs, and chicken with SARS-CoV-2 at Friedrich-Loeffler-Institut. Promed Post – ProMED-mail
10 Apr 2020.
[14] www.anses.fr/fr/content/covid-19-pas-de-r%C3%B4le-des-animaux-domestiques-dans-la-transmission-du-virus-%C3%A0-l%E2%80%99homme
[15] Leroy E et al. Transmission du Covid-19 aux animaux de compagnie : un risque à ne pas négliger. Bull. Acad. Vét. France — 2020 — www.academie-veterinaire-defrance.org
[16] Sun J, Wan-Ting H, Wang L, Lai A, Ji X et al. COVID-19: Epidemiology, evolution, and cross-disciplinary perspectives. Trends Mol Med. 2020. (https://doi.org/10.1016/J. molmed.2020.02.008) Online ahead of print.

Lorsque la Pandémie COVID-19 sera bien contrôlée, le virus aura disparu et tester des médicaments chez l’homme sera impossible : d’où la nécessité d’utiliser des modèles animaux induits ou spontanés exprimant cliniquement la maladie en particulier si on ne peut pas exclure une nouvelle épidémie due à un Sars-CoV-3… 

Jon Cohen dans la revue Sciences souligne l’importance de l’apport des animaux dans la compréhension du COVID-19 : outre le furet (un NAC) déjà considéré comme un animal de laboratoire pour le Sars-CoV-2, Jasper Fuk-Woo Chan s’est aussi intéressé au hamster (autre NAC) possédant un récepteur ACE2 (Angiotensin Converting Enzyme 2), exprimant cliniquement les symptômes de COVID-19 et pour lesquels de fortes concentrations de SARS-CoV-2 ont été trouvés dans les poumons et le tractus digestif.

Tous les jeudis, l’OMS organise une vidéo conférence avec une centaine de personnes travaillant sur les animaux de laboratoire afin de répondre à la question : quel bon modèle avons-nous besoin pour répondre à la bonne question ? Même si la priorité des priorités restant la mise au point d’un vaccin Nicola Decaro rappelle dans Research in Veterinary Science l’importance des informations fournies par la médecine vétérinaire, située au carrefour des santés humaine, animale et environnementale globalement intégrées dans le concept d’unicité de la santé (One Health) précise Alessio Lorusso pour qui Les vétérinaires sont confrontés depuis longtemps à des maladies à coronavirus affectant des espèces animales variées qu’elles soient de rente (porcins, bovins, volailles…) ou de compagnie (chats, NAC…).

Pandémie COVID-19 – des informations contradictoires favorisent la production de nombreuses Fake News : comment repérer le vrai du faux ? 

Infos ou Infaux ?

Après les propos du Professeur Luc Montagnier, co-découvreur du HIV, sur l’origine accidentelle de la pandémie liée à des manipulations sur des virus de laboratoire, aussitôt démentis par la communauté scientifique car ils s’appuyaient sur un article abscond, une autre rumeur a circulé cette semaine : le COVID-19 pourrait être due à une association de malfaiteur(e)s entre un virus et une communauté de bactéries, les Prévotelles, présentes dans le tractus digestif et qui seraient susceptibles de promouvoir des phénomènes inflammatoires chroniques selon Jeppe Madura Larsen. Si les propos du Professeur Luc Montagnier rne s’appuient que sur une seule publication, l’hypothèse microbiotique est plus ambiguë. Cependant, c’est en vérifiant et recoupant les sources d’information que Florian Gouthière dans la rubrique Checknews de Libération et par François Launay dans 20 minutesont trouvé qu’elle ne s’appuyait que sur plusieurs notes cliniques du même auteur Sandeep Chakraboty…Et pourtant il existe une méthodologie pour déceler les Fake news….

Comment déceler et lutter contre les Fake news ?

«Devant l’infobésité (diversité et multiplicité des ressources et des canaux de documentation de toute provenance), les rapports à l’information sont bouleversés et les repères sont brouillés » rappellent les organisateurs de la journée d’étude du 5 juin 2018 sur le thème de la lutte contre les Fake news : l’ADBU (Association française des directeurs et personnels de direction des bibliothèques universitaires et de la documentation),The Conversation France, La Croix, le CARISM et France Info. A l’issue de cette journée l’ouvrage gratuit coordonné par Arnaud Mercier pour The Conversation France a été mis en ligne. 

l’Institut des systèmes complexe (ISC) à Paris-Ile-de-France met des cartes de données pour aider les chercheurs

Le 11 avril dernier, l’Institut des Systèmes Complexes de Paris-Ile-de-France dirigé par David Chavalarias à mis à la disposition des chercheurs une « carte » de l’ensemble des essais cliniques de traitement contre le COVID-19 recensé par l’OMS, en utilisant le logiciel Gargantext, précise Julien Bourdet chercheur au CNRS et travaillant à l’Institut. Ce logiciel permet d’effectuer une fouille de données textuelles pour isoler des mots clés, par exemple : « vaccins efficaces » et « SRAS » puis de savoir à quel point ils sont liés pour déterminer des groupes qui définissent les grandes thématiques de recherche sous forme de « cartes ». Par exemple, si un chercheur s’intéresse à l’activité antivirale de certaines substances comme le coronavirus, en tapant le terme « antiviral » dans la barre de recherche, la carte lui donne les articles correspondants. Le chercheur pourra se faire une idée précise des recherches en cours, des équipes qui travaillent sur le sujet mais aussi pointer du doigt des pistes étudiées dans le passé et qui mériteraient qu’on y revienne.

En bref…

-Le point sur ce que l’on sait et les différentes pistes thérapeutiquesdans la revue Infection, genetics & evolution.

-Le point sur les différents tests : Eric Muraille de l’Université Libre de Bruxelles fait le point dans The Conversation.

-le risque zoonotique : encore deux chats atteints à New York… 

-un nouveau virus respiratoire(respirovirus) décrit chez le chamois alpin dans la revue Animals.

-Confinement : Comment les animaux nous renseignent ils sur les risques d’addictions liés au confinement ?

-Inflammasomes équins et leur régulation dans la revue Mammalian Biology.

Procedure de sortie de crise en Italie - Un role important des vétérinaires

Dès le début de l’émergence Covid-19, le Ministère de la Santé italien a inclus les 10 Istituti Zooprofilattici Sperimentali (IZS) dans la liste des laboratoires autorisés à effectuer le diagnostic moléculaire sur les échantillons cliniques prélevés de la part des Aziende Sanitarie Locali (ASL), selon les protocoles de l’Organisation Mondiale de la Santé.

A titre d’exemple l’Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell’Abruzzo e del Molise (IZSAM, Teramo) a une capacité analytique de 700 échantillons par jour et  a déjà examiné plus de 8000 échantillons.  Sur un nombre élevé de résultats positifs, il a effectué le séquençage du génome pour établir l’origine géographique de l’infection dans la Région Abruzzes et pour tracer d’éventuelles mutations liées à la pathogénicité du virus.

L’IZSAM a lancé en outre des lignes de recherche sur Sars-CoV-2 pour :

·         l’étude de la pathogénicité et de la cinétique virale chez les animaux de compagnie (en particulier chien, chat, furet) afin d’évaluer leur capacité de maintenir, multiplier et propager le virus dans l’environnement ;

·         le développement et l’optimisation des outils à appliquer dans le diagnostic et la surveillance de l’infection à l’intérieur de la population ;

·         l’étude des facteurs de virulence par la manipulation du génome viral et des possibles coinfections entre SARS-CoV-2 et coronavirus communément présents dans les animaux de compagnie ;

·         l’analyse de l’évolution du génome avec le séquençage et la recherche  moléculaire.

En fonction des espèces animales, ces recherches scientifiques sont effectuées avec des approches alternatives à l’utilisations d’animaux de laboratoires.

A cet égard, l’IZSAM a réalisé des études préliminaires sur la transplantation de l’appareil respiratoire des chiens et des chats morts pour d’autres raisons afin de vérifier si leurs tissus respiratoires permettent la réplication virale.

Par ailleurs, une étude est en cours pour évaluer, en situation réelle, la possibilité de transmission du virus entre patients positifs confinés et animaux cohabitant ainsi que la capacité des animaux de rester infectés au cours du temps. L’utilisation comparée des techniques moléculaires et sérologiques permettra de connaître d’une manière plus précise les performances des méthodes sérologiques disponibles.

Enfin, l’IZSAM a développé une application pour mobiles relative au “contact tracking”, qui peut tracer, grâce au bluetooth, les contacts entre les personnes de manière anonyme, dans le respect de la protection de données personnelles. Cet outil numérique, EPIC (Epidemic Control), est complété par une plateforme informatique à disposition des autorités sanitaires qui peuvent disposer, uniquement en cas de positivité pour SARS-CoV-2 et avec l’accord de la personne intéressée, des données de tracking pour l’identification des contacts à risque.

-Depuis le début de la pandémie, le monde cherche un responsable : les chauves-souris ont vite été pointées du doigt, puis les pangolins et finalementles activités humaines

-Un article dans la revueNaturemontre que le domaine de liaison (RBD pour Receptor Binding Domain) qui se lie au récepteur ACE2 (Angiotensin-Converting Enzyme 2), n'a que quelques résidus de différents par rapport aux autres variétés sauvages trouvées chez la chauve-souris et le pangolin donc l'idée qu'il s'agisse de mutations naturelles paraît tout à fait sensée. 

-Un article sur le génome complet montre qu’on peut établir la phylogénie entre le Sars-CoV-2 de la chauve-souris, de l’humain et du pangolin cette dupangolinétant ancestrale aux deux autres.

-Le projet américainPREDICTsubventionné par l’US-AID (équivalent américain de l‘agence française de développement) a choisi de déterminer les espèces de virus présentes chez les chauves-souris car ces mammifères représente le groupe taxonomique comprenant le plus d’espèces, relativement bien connues, et que ce groupe a déjà été identifié comme porteur de nombreux virus très pathogènes pour l’humain.

-Les Koalas, déjà décimés par les incendies en Australie, seraient également menacés par un nouveau virus, dont la source serait également les chauve-souris selon leBurnet Institute

-Mollentzemontre dans PNAS (Proceedings of National Academy of Science) qu’il n’y a pas de réservoir préférentiel et que la proportion de virus transmis à l’Homme est similaire pour toutes les espèces animales, mammifères et aviaires compris.

Pour l’instant, donc, le progéniteur de la souche Sars-Cov-2 est inconnu. Les chauve-souris ne seraient-elles pas victimes d’un biais purement observationnel ?

Le point sur le risque zoonotique : le trafic d’animaux sauvages pointé du doigt

-Dans The Conversation du 16 avril, Alexandre Hassanin, du Muséum National d’Histoire Naturelle, analyseles principales hypothèses de l’origine de l’origine du COVID-19. Lui aussi dédouane la responsabilité des seules chauve-souris et pointe du doigt des pratiques alimentaires ancestrales (consommation d’animaux sauvages qui seraient dotés de certaines propriétés…) alimentées par un braconnage de plus en plus important et qui met en contact des espèces de la faune sauvage y compris des carnivores [civettes, chiens viverrins ou racoon dogs) avec des espèces domestiques, notamment des carnivores. Unarticle canadien de Xia publié dans Molecular biology et Evolutiondevrait inciter à la prudence concernant les carnivores domestiques…errants ou au comportement nomade. A suivre…. 

Devant le comportement atypique d’un virus la Recherche doit s’adapter rapidement : où en est-elle ?

-les données scientifiques sont-elles accessibles ?

Depuis le début de l’épidémie de Covid-19,toute la recherche française est mobilisée,des sciences du vivant aux sciences humaines et sociales en passant par les mathématiques pour contenir l’expansion du virus, tester des traitements, tenter de trouver un vaccin et évaluer l’impact social de cette crise en demandant l’ouverture complète des publications et des données issues de la recherche.

Il reste beaucoup de travail à réaliser rappelle dansLaList du 13 avril,Marin Dacosconseiller à la DGRI (Direction Générale de la Recherche et de l’Innovation) – plan national pour la science ouverte.Malgré la déclaration du Welcome Trust, les articles mis à disposition en accès ouvert ne représentent que le sommet de l’iceberg. Les 13000 articles mis en accès ouvert se réfèrent à 200 000 qui représentent la source intellectuelle et qui ne le sont pas…dont 5% sont des articles de science vétérinaire.

Ce n’est pas en mettant tous les articles traitant d’une pathologie donnée en accès ouvert que vous ouvrez l’ensemble de la littérature scientifique nécessaire à sa compréhension. Il manque aussi le partage des « données de la recherche ».

-la recherche animale est-elle en danger ?

La recherche animale est indispensable dit Roger le Grand, directeur de l’IDMIT mais comment conduire des recherches essentielles dans des conditions de sécurité durant la pandémie : les laboratoires universitaires doivent continuer de travailler tout en protégeant leur personnels et les animaux de laboratoires comment continuer les travaux de recherche s’interrogeVirginia Gewin dans la revue Nature.

La revue ScienceMag pose la question : Quels sont les meilleurs modèles animaux pour étudier le coronavirus ?Un « mauvais modèle » peut parfois avoir de l’intérêt pour comprendre la pathogénèse … On lira aussi dans que des singes guéris sont durablement protégés contre une seconde infection.

Connaître les mécanismes immunitaires de cette maladie est une étape clé pour pouvoir développer des vaccins. Une étude chez 4 macaques montre que cette espèce développe des anticorps chez 3 d’entre eux : une ré-infection devenant peu probable cependant l’incertitude sur l’immunité acquise et sa durée chez les personnes infectées et guéries inquiète le Professeur Jean-François Delfraissy, Président du Conseil scientifique 2019 (lire le Figaro du 16 avril). A lire également dans The Scientist du 15 avril l’article de Katarina Zimmer : What do antibody tests for SARS-CoV-2 tell us about immunity ?

On comprend l’importance des singes pour la mise au point de vaccinsor les chinois viennent de décréter un embargo sur les singes de laboratoire, à lire dans The Globe…

Le comportement des Fils du ciel est pour le moins ambigu malgré leurs déclarations. A lire dans The Conversation du 13 avril sous la plume d’Erik Brattberg: «Non, le coronavirus ne favorise pas (encore) la montée d’un sentiment pro-Chine en Europe»

En bref :

-Les académies des Sciences et de Médecine du G7 font unedéclaration communesoulignant le besoin crucial de coopération internationale pendant la pandémie. 

-Reacting insermpermet de suivre la biblio pertinente sur le COVID-19 tous les jours…

-Polémiques autour des anti-paludéens de synthèse (chloroquine & hydroxychloroquine). S’il y a consensus pour dire que le virus interfère avec le relargage de l’oxygène par l’hémoglobine enmajorant l’hypoxie tissulaire. L’aggravation pulmonaire reposerait sur le fameux « orage cytokinique », l’action des anti-paludéens de synthèse reste soumise à controverse : un article de Josuah Barbosadu dans le New England Journal montre que l’hydroxychloroquine aggrave l’état de patients en insuffisance respiratoire. N’oublions pas cependant que le traitement préconisé par Professeur Didier Raoult associe les anti-paludéens de synthèse à un macrolide à tropisme pulmonaire connu depuis connu depuis 2016 : l’Azithromycine. Cette molécule qui fait partie de la liste essentielle des médicaments de l’Organisation Mondiale de la Santé  depuis 2013, a comme particularité d’avoir une importante pénétration intracellulaire ainsi que la particularité de stimuler la production d’interféron rappelle notre collègue Alain Philippon, ancien chef de service de Bactériologie-Virologie- Hygiène hospitalière à la Faculté de Médecine Cochin-Port-Royal. Cette association a été « oubliée » par les médias, surtout en début de maladie. 

Le risque lié aux chiens errants et non au pangolin ?

Les chercheurs canadiens qui ont analysé le génome du coronavirus soutiennent que seule une voie de transmission via les chiens errants peut expliquer leurs résultats.

le coronavirus s'est d'abord propagé des chauves-souris aux chiens errants mangeant de la viande de chauve-souris».La conclusion de l'équipe était basée sur l'analyse de signatures chimiques provenant de diverses espèces - notamment les chauves-souris, les pangolins, les chiens, les serpents et les humains. Le virus se serait répliqué d’abord dans le milieu intestinal. 

Le point sur le risque zoonotique : confirmation du faible risque de transmission de l’animal à l’homme malgré la contamination possible les carnivores (félidés et furets notamment)

-Un cas de Sars-CoV-2 (agent du COVID-19) a été observé et confirmé le 5 Avril par le département d’état de l’Agriculture des USA chez un tigre femelle (https://www.aphis.usda.gov/aphis/newsroom). Six autres grands félins présentent également des symptômes de la maladie (https://www.nationalgeographic.com/animals/2020/04/tiger-coronavirus-covid19-positive-test-bronx-zoo/)

-une équipe chinoise de l’institut de recherche vétérinaire de Harbin (bioRxiv preprint2020.03.30.015347v1.full.pdf) a démontré que l’on pouvait reproduire expérimentalement l’infection par de fortes doses de Sars-CoV-2 chez le chat et le furet (avec transmission par contact possible), le chien ayant été moins sensible alors que les porcs et les poulets ont été résistants.

-Le Friedrich-Loeffler-Institut (FLI) confirme ces résultats pour le porc et le poulet dans un communiqué du 2 avril en inoculant aussi des chauve-souris et des furets. (https://www.fli.de/en/press/press-releases/press-singleview/novel-coronavirus-sars-cov-2-fruit-bats-and-ferrets-are-susceptible-pigs-and-chickens-are-not/).

-une équipe française menée par Marc Eloit (marc.eloit@pasteur.fr) a montré l’absence d’infection d’une vingtaine de chats et de chiens aux contact d’un groupe d’étudiants vétérinaires eux-mêmes infectés et présentant des signes cliniques du COVID-19. Cette étude conforte l’hypothèse que les carnivores domestiques ne seraient pas un réservoir animal potentiel pour le Sars-CoV-2.  

Coronavirus : les animaux de laboratoires, victimes collatérales ?

Dès le 23 mars dernier, David Grimm s’alarmait dans Science Mag du statut réservé aux rongeurs de laboratoire qui sont nécessaires à la recherche : des milliers de souris sont euthanasiées (https://www.sciencemag.org/news/2020/03/it-s-heartbreaking-labs-are-euthanizing-thousands-mice-response-coronavirus-pandemic). Les chercheurs ont arrêtés leurs élevages et réduit la taille de leur colonies précisait Abby Olena dans The Scientist (https://www.the-scientist.com/news-opinion/animal-facilities-make-tough-decisions-as-pandemic-closes-labs-67339). Les conséquences risquent d’être dramatiques : Kathleen Millen du Seattle Children’s Hospital Research Institute prédit que cette situation se traduira par un retard de plus d’un an sur tous ses projets de recherche. Un autre risque apparaît : l’embargo mis par les chinois sur l’exportation des macaques (Rhésuset Cynomolgus), espèces nécessaires à la mise au point de vaccins comme l’indique The Globe en date du 2 avril (https://www.theglobeandmail.com/world/article-chinese-wildlife-ban-freezes-export-of-test-monkeys-amid-worldwide/).

One health : coopération entre médecins et vétérinaires pour unir nos forces

-Un communiqué de l’Académie de Médecine en date du 7 avril (pandémie du COVID-19 : une leçon pour la recherche en biologie-santé) demande une coordination renforcée des institutions de recherche et une stratégie qui garantisse autant un soutien à la recherche fondamentale, non finalisée, qu’a la recherche translationnelle et clinique. Un portrait de notre collègue Hubert Laude dans Le Monde du 8 avril (https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/04/06/hubert-laude-virologue-d-avant-garde_6035747_1650684.html) illustre parfaitement ce qui n’aurait jamais dû se passer : pionnier en matière de travaux sur les coronavirus, il s’est reconverti dans l’étude des prions, faute de crédits et d’intérêt pour le sujet de la part des institutions scientifiques. 

-Une note de la participation des différentes ENVs à la recherche sur le COVID-19 a été adressée par Isabelle Chmitelin à la directrice du cabinet du Ministre de l’Agriculture et de l’Alimentation. Elle détaille les différents projets mis en œuvre (voir cette note).

Et aussi…

-revue bibliographique : le numéro 22 de Microbes & infection (https://www.sciencedirect.com/journal/microbes-and-infection) présente plusieurs articles sur le COVID-19

-nouvelles stratégies thérapeutiques :

L’ivermectine, anti-parasitaire très largement utilisé dans le monde vétérinaire inhibe la réplication du Sars-CoV-2 in vitro (antiviral research : https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0166354220302011) 

Grâce à son odorat très développé, le chien pourrait être utilisé pour « renifler » les coronavirus (https://www.biotechniques.com/coronavirus-news/mans-best-friend-to-the-rescue-dogs-could-be-taught-to-sniff-out-coronavirus/).

-blog universitaire du CNRS LaListe :

Vincent Larivière pointe du doigt le fait que la pandémie de Coronavirus met en lumière de graves lacunes dans la communication scientifique…pour rendre les travaux sur ce sujet plus largement disponibles …(https://inist.us14.list-manage.com/track/click?u=5feb360c7ff0cc996151e2f46&id=6681e66ec8&e=24f785d45c)

Note : participation à la recherche sur le COVID-19 dans les Ecoles Nationales Vétérinaires (ENV) en date du 31 mars 2020 par Isabelle Chmitelin

Les statistiques issues du réseau de téléphonies mobiles au service de la lutte contre la pandémie de Covid-19

Une coopération entre l’Inserm et Orange va permettre d’utiliser des données quantitatives anonymisées de l’opérateur téléphonique pour étudier la mobilité avant et après confinement et son impact sur la diffusion de la pandémie de Covid-19.
Lire l’article sur le site de l’Inserm (27/03/2020).

Covid-19 : Démarrage de l’essai clinique Discovery

Une vidéo de 25 mn pour présenter l’essai clinique européen Discovery destiné à évaluer quatre traitements expérimentaux contre le coronavirus Sars-CoV-2.
Voir la vidéo sur le site de l’Inserm (24/03/2020).

Des robots pour combattre le Covid-19

Des robots de désinfection (équipés de plusieurs capteurs LIDAR et de puissantes lampes UVC), à l’origine destinés à prévenir les infections nosocomiales, pourraient aussi aider à limiter la propagation du Covid-19.
Lire l’article sur le site Techniques de l’ingénieur (25/03/2020).

PhyML, un logiciel pour remonter la piste du coronavirus

PhyML est un logiciel qui compare les séquences d’ADN pour en tirer des arbres phylogénétiques et expliquer l’évolution qui a permis leur apparition. Partout dans le monde, des équipes s’en emparent pour remonter le fil de l’épidémie de Covid-19.
Lire l’article sur le site de l’INS2I CNRS (25/03/2020).

Covid-19 : Démarrage de l’essai clinique Discovery

Une vidéo de 25 mn pour présenter l’essai clinique européen Discovery destiné à évaluer quatre traitements expérimentaux contre le coronavirus Sars-CoV-2.
Voir la vidéo sur le site de l’Inserm (24/03/2020).

Des robots pour combattre le Covid-19

Des robots de désinfection (équipés de plusieurs capteurs LIDAR et de puissantes lampes UVC), à l’origine destinés à prévenir les infections nosocomiales, pourraient aussi aider à limiter la propagation du Covid-19.
Lire l’article sur le site Techniques de l’ingénieur (25/03/2020).

Coronavirus – Alimentation, courses, nettoyage : les recommandations de l’Anses

L’Anses a examiné, sur la base des données scientifiques disponibles, les possibilités de transmission de la maladie Covid-19 par les aliments.
Lire l’article sur le site de l’Anses (27/03/2020).

Communiqués Covid-19 de l’Académie nationale de médecine

Quatre communiqués de l’Académie nationale de médecine sur le Covid-19 concernant : les traitements à base d’hydroxychloroquine, les tests, les risques liés aux animaux de compagnie, les masques (chirurgicaux et FFP2).
Lire les communiqués sur le site de l’Académie nationale de médecine (22-26/03/2020).

Coronavirus, la mutation continue

Le coronavirus Sars-CoV-2 étant un virus à ARN, il mute régulièrement mais, aussi nombreuses soient-elles, ces mutations n’aboutissent que très rarement à un changement de phénotype et de fonction virale. On estime que le génome du virus est toujours similaire à 99,9999%. à celui apparu à Wuhan.
Lire l’article ou écouter le podcast sur le site de France Culture (26/03/20).

Science, décision et Covid-19 : travaux pratiques

Un article de la directrice de l’IHEST (Institut des Hautes études pour la science et la technologie) sur la question du positionnement du scientifique par rapport au politique et à la responsabilité de la décision, qui repose la question bien connue de l’expertise.
Lire l’article sur le site de l’IHEST (24/03/2020).

Chloroquine : le protocole Raoult

Une chronique qui aide à comprendre la polémique autour de la chloroquine promue par Didier Raoult et ses équipes de l’Institut hospitalo-universitaire de Marseille.
Lire l’article ou écouter le podcast sur le site de France Culture (24/03/20).

Masques de protection respiratoire et risques biologiques : foire aux questions

Des réponses de l’INRS (Institut national de recherche et de sécurité pour les accidents du travail et les maladies professionnelles) aux questions fréquemment posées sur les masques de protection respiratoires et les risques biologiques.
Lire l’article sur le site de l’INRS.

Surfaces, aérosols : le coronavirus survit-il partout ?

Chaque jour, Nicolas Martin, producteur de La méthode scientifique sur France Culture, fait un point documenté sur l’avancée de la recherche sur le coronavirus. Il revient dans ce podcast sur la contagiosité et la persistance du coronavirus sur les surfaces et dans l’air et rappelle pour finir que les gestes barrières, la distance de sécurité et le lavage régulier et rigoureux des mains restent, à cette date, le principal remède pour endiguer la progression de l’épidémie.
Lire l’article ou écouter le podcast sur le site de France Culture (20/03/2020).

Confinement : comment la distanciation sociale peut éviter des morts

Une vidéo de vulgarisation avec des modèles-jouets montrant la colossale efficacité des mesures de distanciation sociale pour limiter la diffusion du virus.
Voir la vidéo sur le site du Monde (21/03/2020).

Coronavirus : la riposte de la recherche

L’histoire du comité scientifique de REACTing (REsearch and ACTion targeting emerging infectious diseases), un consortium créé en 2014 par l’Inserm et ses partenaires pour fournir des réponses rapides aux crises sanitaires émergentes, et son rôle dans la lutte contre la pandémie de Covid-19.
Lire l’article sur le site de La Recherche (14/03/2020).

 « La science fondamentale est notre meilleure assurance contre les épidémies »

Interview de Bruno Canard, directeur de recherche CNRS au laboratoire Architecture et fonction des macromolécules biologiques (unité CNRS/Aix-Marseille Université), spécialiste en France des coronavirus.
Lire l’article sur le site CNRS Le Journal (13/03/2020).

Chats et chiens contaminés par leur propriétaire Covid-19 positif

Nous avions déjà signalé qu’il était fort peu probable que l’agent du Covid-19, le Sars-CoV-2, soit transmissible de l’animal vers l’Homme alors que l’observation de deux chiens positifs à Hong Kong témoignait de la possibilité d’une contamination d’un propriétaire infecté vers son animal.
L’annonce, le 27 mars, de la contamination d’un chat en Belgique témoigne une fois de plus de cette possibilité de transmission du virus de l’Homme lors d’un contact étroit avec l’animal. Depuis, après les deux chiens, un second chat a été déclaré positif à Hong Kong le 3 avril 2020 [1].
Mais peut-on parler de risque zoonotique de l’animal vers l’Homme face à ces cas exceptionnels ?
Le premier chien de Hong Kong était un Loulou de Poméranie âgé (17 ans), mis en quarantaine le 26 février et sans signes cliniques. Les prélèvements nasaux et oraux se sont révélés faiblement positifs pour la recherche de l’ARN viral par RT-PCR à 5 reprises puis les derniers prélèvements se sont révélés négatifs. Les prélèvements rectaux ont été négatifs.

Ce chien est mort deux jours après son retour de quarantaine chez sa propriétaire, le 16 mars, à la suite de déficiences rénales et cardiaques. Et ce n’est qu’après ce décès, le 26 mars, que l’on a appris que la recherche d’anticorps sur un prélèvement sanguin, du 3 mars, s’était révélée finalement positive. Du fait des faibles valeurs de PCR, on peut penser que l’infection développée par le chien a été trop faiblement productive pour attester d’un risque de contagiosité.
Le second chien positif de Hong Kong est un berger allemand âgé de 2 ans envoyé en quarantaine depuis le 18 mars 2020 avec un chien négatif de race mixte de la même résidence. Comme le cas précédent, il a été contaminé par son propriétaire et révélé positif lors de la recherche de l’ARN viral en RT-PCR, les 19 et 20 mars, mais sans présenter de symptômes. Les données concernant ce deuxième cas ne permettent pas de conclure à une infection productive.

Le troisième cas concerne un chat belge diagnostiqué positif à la faculté de médecine vétérinaire de l’université de Liège, le 18 mars. Ce cas a été annoncé, le 27 mars, par le Comité scientifique (SciCom) institué auprès de l’Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire (Afsca), qui a d’ailleurs émis un avis provisoire sur le risque zoonotique associé aux animaux de compagnie [2].
Le chat vivait chez sa propriétaire atteinte du Covid-19 après un voyage en Italie et confinée à son domicile. Il a présenté des symptômes (anorexie, diarrhée, vomissements, toux et respiration superficielle) une semaine après le retour de sa propriétaire.
Les prélèvements de liquides gastriques et de matières fécales se sont révélés positifs en PCR. Dix jours plus tard, l’état du chat s’est amélioré mais d’autres examens n’ont pu être réalisés du fait du confinement du chat et de la propriétaire.
Selon le SciCom, il n’est pas possible de conclure à une infection virale productive mais elle peut être suspectée du fait des symptômes compatibles avec une coronavirose. Mais le chat peut aussi avoir été un vecteur passif du fait de la forte contamination de l’environnement liée à sa propriétaire infectée et confinée.

Le quatrième cas concerne un chat de Hong Kong déclaré le 3 avril 2020 à l’OIE. Il a été placé sous quarantaine le 30 mars à la suite de l’hospitalisation de son maître contaminé par le Covid-19. Tous les échantillons‘(nasaux, cavité buccale, fèces) ont été positifs au Sars-CCoV-2 de même que le 1er avril pour des écouvillons nasaux et oraux. Ce chat reste sous surveillance.

Ces quatre  cas ne permettent pas, actuellement, de conclure à une infection productive favorisant une éventuelle contagiosité animal-Homme ou animal-animal.

Par ailleurs, les laboratoires Idexx [3] ont mis au point récemment un test de diagnostic Idexx Sars-Cov-2 (Covid-19) RealPCR test ND.
Ce test a été réalisé sur près de 4000 échantillons respiratoires (77%) ou fécaux (23%), récoltés entre le 24 février et le 12 mars 2020 dans 50 Etats américains et en Corée du Sud où il existait des cas humains de Covid-19.
Plusieurs animaux de compagnie ont été testés : chiens (55%), chats (41%) et chevaux (4%). Tous les tests se sont révélés négatifs.<s></s>

Une autre enquête sérologique (ELISA) a été réalisée en Chine chez des chats de Wuhan prélevés avant et après l’épidémie de Covid-19 [4]. Sur les 102 chats prélevés après l’épidémie de Covid-19, 15 soit 14,7% se sont révélés positifs dont 11 avec des titres d’anticorps neutralisants variant de 1/20 à 1/1080, les taux les plus importants ayant été relevés chez les trois chats dont les propriétaires étaient Covid-19 positifs (1/360, 1/360 et 1/1080). Les autres chats étaient des chats errants ou présents dans des hôpitaux. Les chats témoins ayant été prélevés avant l’épidémie étaient négatifs.
Une étude sur une plus large échelle dans d’autres pays très affectés est nécessaire pour confirmer que le Sars-CoV-2 ne circule pas chez nos animaux de compagnie pendant une période d’épidémie importante.

Reproductions expérimentales du Covid-19 chez des animaux de compagnie

L’éditorial de la revue Nature du 1^er avril 2020 rapporte les résultats des travaux réalisés par une équipe chinoise de l’institut de recherche vétérinaire de Harbin [5] démontrant que l’on pouvait reproduire expérimentalement par inoculation intranasale l’infection par des virus Sars-CoV-2 chez des animaux pouvant être de compagnie ou de ferme (furets, chats, chiens, poulets, porcs et canards). Il faut noter que dans ce document prépublié (n’ayant pas encore fait l’objet d’une validation), seul un petit nombre d’animaux ont été inoculés avec des fortes doses de virus. 

Le virus a été détecté dans les premières voies respiratoires des furets qui n’ont pas présenté de symptômes importants ou une mortalité.

Cinq chats ont pu être infectés avec une excrétion virale dans les échantillons respiratoires et fécaux et une séroconversion. Il a été possible de démontrer que le virus pouvait être transmis par la voie aérienne sur l’un des trois chats en contact avec les chats inoculés.

Les trois chiens inoculés ont montré une très faible sensibilité à l’infection virale.

Enfin les porcs, les poulets et les canards ne se sont pas révélés sensibles.

Rappelons que des études antérieures sur le Sras-CoV à l’origine du syndrome respiratoire aigu sévère (Sras) avaient déjà montré expérimentalement que les chats pouvaient être infectés et contaminer d’autres chats sans que l’on ait montré un rôle épidémiologique des chats dans ce syndrome.

Dans une seconde publication du 31 mars [6], une équipe sud-coréenne rapporte l’inoculation expérimentale de furets avec de fortes doses de virus. Chez ces furets, on a pu retrouver le virus dans les cavités nasales, la salive, l'urine et les fèces jusqu'à 8 jours suivant l’inoculation. Il a été aussi possible de démontrer une contagiosité chez des furets placés en contact direct dans la même cage que les furets inoculés. Pour quelques furets en contact indirect car placés dans des cages séparées, on a pu aussi démontrer la possibilité d’une transmission par la voie aérienne. Par comparaison avec les inoculations réalisées avec le Sars-CoV du Sras, les auteurs font remarquer que les aspects cliniques et les titres de virus dans les poumons sont plus faibles avec le Sars-CoV-2 mais que l’infection persiste plus longtemps chez l’animal, avec la possibilité d’un portage asymptomatique permettant la propagation du virus. Le furet peut néanmoins être un modèle animal pour l’étude de l’infection par le Sars-CoV-2 comme dans le cas de plusieurs viroses respiratoires humaines (virus influenza ou parainfluenza, virus respiratoire syncytial, Sars-CoV-1). Ce document prépublié ne concerne que 24 furets et n’a pas encore fait l’objet d’une validation.

D’autres tests sont nécessaires, notamment chez les chats avec des doses différentes de virus pour vérifier la possibilité de cette transmission par contact. 

Mesures de biosécurité

Ces observations ne modifient pas les recommandations que nous avions formulées. Il n’est pas nécessaire de séparer les animaux de la famille lorsqu’une personne est Covid-19 positive dans le milieu familial mais il faut renforcer les mesures de biosécurité habituellement recommandées pour éviter les zoonoses liées aux animaux de compagnie, notamment le lavage des mains, l’entretien de la litière ou l’apport des aliments tout en évitant un contact à risque avec l’animal (baisers, léchage, partage de la nourriture notamment).

Par conséquent, l’important est, lorsque la personne infectée est maintenue à domicile, de réduire au maximum les possibilités de contacts de l’animal avec celle-ci et de désinfecter son environnement. Il faut aussi recommander qu’une autre personne vivant sous le même toit s’occupe de l’animal.

Réalisation de tests par les laboratoires vétérinaires

La réalisation de tests Covid-19 par les laboratoires vétérinaires accrédités COFRAC est envisagée par le ministère de la santé et sera nécessaire pour permettre de lever le confinement actuel.
Dans le contexte exceptionnel de la crise sanitaire liée à la pandémie actuelle due au Covid-19, ces tests doivent être effectués en priorité pour le suivi des cas humains en France comme dans d’autres pays européens mais il faut aussi souhaiter la possibilité d’une vigilance vétérinaire accrue du risque de contamination des animaux de compagnie, voire de ferme, par le Sars-CoV-2 dans le contexte «Une seule santé».

[1] Les trois cas de Hong Kong ont fait l’objet d’une alerte sanitaire pour maladie émergente à potentiel zoonotique inconnu à l’Office international des épizooties :
https://www.oie.int/wahis_2/public/wahid.php/Reviewreport/Review/viewsummary?fupser=&dothis=&reportid=33455
https://www.oie.int/wahis_2/public/wahid.php/Reviewreport/Review/viewsummary?fupser=&dothis=&reportid=33684
https://www.oie.int/wahis_2/public/wahid.php/Reviewreport/Review/viewsummary?fupser=&dothis=&reportid=33832

[2] https://urlz.fr/cfa1

[3] https://urlz.fr/cfa7

[4] Zhang Q et al. SARS-CoV-2 neutralizing serum antibodies in cats: a serological investigation.  
https://doi.org/10.1101/2020.04.01.021196 (prépublication non validée).

[5] Jianzhong Shi et al. Susceptibility of ferrets, cats, dogs, and different domestic animals to SARS-coronavirus-2. bioRxiv preprint 2020.03.30.015347v1.full.pdf

 [6] Young-Il Kim et al.  Infection and Rapid Transmission of SARS-CoV-2 in Ferrets. Journal pre-proof. CellPress.DOI: 10.1016/j.chom.2020.03.023.